Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006177

染色体: Chr01 坐标: 77301681-77306832 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006177
名称SmilChr01G006177
描述uncharacterized SmilChr01G006177
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向77301681 - 77306832 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014167
GeneID131014167
locus_tag-
NCBI NameLOC131014167
原始查询SmilChr01G006177

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
ArabidopsisATMG00310
-
identity=33.5; qcov=0.267; evalue=4.52e-19; confidence=weak
RiceOs06g0484800
-
identity=35; qcov=0.414; evalue=2.24e-38; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014167

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057798040.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057798040.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057798040.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798040.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798040.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:77301769 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C17
Chr1:77301769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr1:77301841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B26,B3,B67
Chr1:77301856 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B33,C35
Chr1:77301864 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,C35,C82
Chr1:77301872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr1:77302078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,C25
Chr1:77302088 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C24
Chr1:77302088 ACC A 2bp_deletion CDS_variant 1 C24
Chr1:77302096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C5
Chr1:77302101 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C24
Chr1:77302101 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942057.1
ATGGGGCGTTCCTGCTCTGGTGTGTGTGCTCTTTACTCTGGTGTGTCTGCGCTGGCATCTTTAGGCTCTGGTCTTCACGGCGCCGCTGTCACGAGCGGAAAAGATTACCGAGGCATTGACGAGAGCTTTCTATCACGCACAGCCGCCACGGAAGCAAAAAAATTGCGATCGCTCAAAGCCAAAATCAAATGGCTCAAAGAGGGAGACATTAATTCAGGTTTTTTCCATAGGGCAATTCGTGGGAGACGTGTCAAAAACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014167
ATGGGGCGTTCCTGCTCTGGTGTGTGTGCTCTTTACTCTGGTGTGTCTGCGCTGGCATCTTTAGGCTCTGGTCTTCACGGCGCCGCTGTCACGAGCGGAAAAGATTACCGAGGCATTGACGAGAGCTTTCTATCACGCACAGCCGCCACGGAAGCAAAAAAATTGCGATCGCTCAAAGCCAAAATCAAATGGCTCAAAGAGGGAGACATTAATTCAGGTTTTTTCCATAGGGCAATTCGTGGGAGACGTGTCAAAAACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798040.1
MGRSCSGVCALYSGVSALASLGSGLHGAAVTSGKDYRGIDESFLSRTAATEAKKLRSLKAKIKWLKEGDINSGFFHRAIRGRRVKNEIGGMLFENSWISKPEEVKVRVKNHFEAFFKRKERLMPDFPLDFMRRKISNDERQWLIRDFDLDEIKEAVWSCCGDKSPGPDGFNFTFWRAAWPVVKEDLVQVLKEFHENGKIPKGGNASFIVLIPKKEGAGSLEDFRPISLITSLFKIVAKILAERLKRVMGSIISDNQSAFV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器