Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G006187`

染色体: Chr01 坐标: 77415987-77416394 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G006187`
名称	SmilChr01G006187
描述	DELLA protein GAI1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	77415987 - 77416394 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014200`
GeneID	`131014200`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014200`
原始查询	`SmilChr01G006187`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DELLA protein GAI1-like
产物	DELLA protein GAI1-like
Arabidopsis	`AT2G01570` (RGA1) GRAS family transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814686] identity=76.2; qcov=0.904; evalue=9.46e-58; confidence=high
Rice	`Os03g0707600` (SLR1) - identity=69.8; qcov=0.859; evalue=7.09e-48; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009723 (response to ethylene); GO:0009737 (response to abscisic acid); GO:0009863 (salicylic acid mediated signaling pathway); GO:0009867 (jasmonic acid mediated signaling pathway); GO:0009938 (negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway); GO:0010187 (negative regulation of seed germination); GO:0042538 (hyperosmotic salinity response); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:2000033 (regulation of seed dormancy process); GO:2000377 (regulation of reactive oxygen species metabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF03514 (GRAS)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014200

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057798078.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057798078.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057798078.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798078.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798078.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:77416020`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B117,B28,C9,D9
`Chr1:77416053`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	B119,B17,B64,B7,B73,C54,C65
`Chr1:77416071`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr1:77416101`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C13,C64
`Chr1:77416102`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B9,C49,C73,C76
`Chr1:77416103`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B9,C49,C73,C76
`Chr1:77416131`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr1:77416140`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:77416153`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,B57
`Chr1:77416173`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B136,B57
`Chr1:77416207`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C32,C59,C68
`Chr1:77416209`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798078.1

135 aa

135

GRAS

PF03514 GRAS 29-131 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798078.1`	Pfam	`PF03514`	GRAS	Family	29	131	2.1e-26	93.5	GRAS domain family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942095.1
ATGCAGTCGCTGCCCAAGAAATTGAAACTTTCGCCGCCGACCGAGTCGGTTGTCCTGGTTGACTTGCAGGAGAACGACATCAGACTGGTTCATTCCTTGATGGCCTGCGCGGAGGCCGTACAGCAAGAGAATTTCAAATTAGCTGAAGCTCTTGTGAAAAATATCGGATTTTTAGTTGTATTGCAGCCAGGGGCGATGCGAAAAGTGGCTACCTATTTCGCTGAAGCCCTGGCCAGGATAATTTATAGATTGTATCCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014200
ATGCAGTCGCTGCCCAAGAAATTGAAACTTTCGCCGCCGACCGAGTCGGTTGTCCTGGTTGACTTGCAGGAGAACGACATCAGACTGGTTCATTCCTTGATGGCCTGCGCGGAGGCCGTACAGCAAGAGAATTTCAAATTAGCTGAAGCTCTTGTGAAAAATATCGGATTTTTAGTTGTATTGCAGCCAGGGGCGATGCGAAAAGTGGCTACCTATTTCGCTGAAGCCCTGGCCAGGATAATTTATAGATTGTATCCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798078.1
MQSLPKKLKLSPPTESVVLVDLQENDIRLVHSLMACAEAVQQENFKLAEALVKNIGFLVVLQPGAMRKVATYFAEALARIIYRLYPINQLDFAFTDLLQMHFYETCPYLKFAHFTANQAILEAFAGKDRVHGIEN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器