Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G006200`

染色体: Chr01 坐标: 77690583-77698144 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G006200`
名称	SmilChr01G006200
描述	uncharacterized SmilChr01G006200
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	77690583 - 77698144 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014242`
GeneID	`131014242`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014242`
原始查询	`SmilChr01G006200`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827935]; symbol=AT4G00980; hit=AT4G00980; species=arabidopsis; confidence=low
产物	zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827935]; symbol=AT4G00980; hit=AT4G00980; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G00980` (AT4G00980) zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827935] identity=30.2; qcov=0.654; evalue=5.59e-25; confidence=low
Rice	`Os08g0421300` - identity=23.7; qcov=0.492; evalue=2.29e-09; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14223 (Retrotran_gag_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014242

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057798132.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057798132.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057798132.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057798132.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057798132.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:77697263`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr1:77697275`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:77697290`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr1:77697304`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,C25
`Chr1:77697305`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr1:77697306`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:77697317`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr1:77697320`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A13,A15,A20,A8,B106,B19,B7,B88,B95,C35
`Chr1:77697326`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,A20,A8,B106,C35
`Chr1:77697338`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,C25,C71
`Chr1:77697339`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,C25
`Chr1:77697340`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798132.1

309 aa

154

309

Retrotran_gag_2

PF14223 Retrotran_gag_2 89-264 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798132.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	89	264	2e-22	80.5	gag-polypeptide of LTR copia-type

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942149.1
ATGGCGTCCACCATCCCTGCTGCCGGCAACGCCACCAACGGCTCCACCGCCTCCGCCACCATTGGCTCAACCTCCTCCGCCACCATTGGCTCCACCGCCTCCGCTACTATCGGCTCCACCTCGTCCACCTTCTTCGGCTCATCCTTTGGCTCAACGGGTGGTTCCACTTCCACCATGGCCCCGTTGCAAACGTCGAGGACGTTGGGTCTTGCCGAGAAACCCTCCATTTTCTCGGGCAAGAACTTCAAGTATTGGCAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014242
ATGGCGTCCACCATCCCTGCTGCCGGCAACGCCACCAACGGCTCCACCGCCTCCGCCACCATTGGCTCAACCTCCTCCGCCACCATTGGCTCCACCGCCTCCGCTACTATCGGCTCCACCTCGTCCACCTTCTTCGGCTCATCCTTTGGCTCAACGGGTGGTTCCACTTCCACCATGGCCCCGTTGCAAACGTCGAGGACGTTGGGTCTTGCCGAGAAACCCTCCATTTTCTCGGGCAAGAACTTCAAGTATTGGCAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798132.1
MASTIPAAGNATNGSTASATIGSTSSATIGSTASATIGSTSSTFFGSSFGSTGGSTSTMAPLQTSRTLGLAEKPSIFSGKNFKYWQEKMLFYLTTVGFAGFLTEDAPPTPSEWETSFEVRAGYANWCQGDYLCRNTVLMSLDEWLYNVFKVHKTSKEVWEALDLKYQVDKTNTTKYVVAKWLDYKMVDSRSVMNQVEEFQTLSHEVQAEGMPLADALLVAIIIEKLPPSWRSFQNLLKHERSEMSVANLVSKLQMEDHVR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器