当前解析结果
SmilChr02G000003| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000003 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000003 |
| 描述 | LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERL2 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 21172 - 22345 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012966 |
|---|---|
| GeneID | 131012966 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012966 |
| 原始查询 | SmilChr02G000003 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERL2 |
| 产物 | LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERL2 |
| Arabidopsis | AT5G07180 (ERL2)ERECTA-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830609] identity=36.5; qcov=0.95; evalue=1.39e-56; confidence=medium |
| Rice | Os11g0559200 (Xa21*)- identity=34.3; qcov=1.12; evalue=3.31e-56; confidence=low |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012966 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057796935.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796935.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796935.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796935.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057796935.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:21336 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr2:21349 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B93 |
Chr2:21349 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr2:21357 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B93 |
Chr2:21357 |
T |
TC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr2:21360 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C45 |
Chr2:21364 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr2:21377 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,B91 |
Chr2:21395 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B53,B79,B99,C6,C60 |
Chr2:21518 |
A |
AAG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 9 | B104,B43,B5,B64,C48,C49,C57,C73,D6 |
Chr2:21519 |
T |
TAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 9 | B104,B43,B5,B64,C48,C49,C57,C73,D6 |
Chr2:21630 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B102,B53 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796935.1PF08263
LRRNT_2 33-73 aa
PF13855
LRR_8 129-185 aa
PF00560
LRR_1 150-172 aa
PF00560
LRR_1 174-195 aa
PF00560
LRR_1 224-245 aa
PF00560
LRR_1 247-267 aa
PF00560
LRR_1 271-293 aa
PF00560
LRR_1 318-339 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796935.1 |
Pfam | PF08263 |
LRRNT_2 | Family | 33 | 73 | 6.1e-10 | 39.9 | Leucine rich repeat N-terminal domain |
XP_057796935.1 |
Pfam | PF13855 |
LRR_8 | Repeat | 129 | 185 | 5e-22 | 78.1 | Leucine rich repeat |
XP_057796935.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 150 | 172 | 1.7e-28 | 93.2 | Leucine Rich Repeat |
XP_057796935.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 174 | 195 | 1.7e-28 | 93.2 | Leucine Rich Repeat |
XP_057796935.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 224 | 245 | 1.7e-28 | 93.2 | Leucine Rich Repeat |
XP_057796935.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 247 | 267 | 1.7e-28 | 93.2 | Leucine Rich Repeat |
XP_057796935.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 271 | 293 | 1.7e-28 | 93.2 | Leucine Rich Repeat |
XP_057796935.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 318 | 339 | 1.7e-28 | 93.2 | Leucine Rich Repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。