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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000018

染色体: Chr02 坐标: 133440-137597 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000018
名称SmilChr02G000018
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向133440 - 137597 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013206
GeneID131013206
locus_tag-
NCBI NameLOC131013206
原始查询SmilChr02G000018

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=37.6; qcov=0.894; evalue=0; confidence=medium
RiceOs06g0585950
-
identity=38.2; qcov=0.995; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013206

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797253.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797253.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797253.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797253.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797253.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:134026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:134052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr2:134059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:134060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr2:134091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr2:134124 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 6 B118,B129,B16,B35,C24,C9
Chr2:134147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:134170 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr2:134197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,C71
Chr2:134587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr2:134615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,C27
Chr2:134641 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,C24,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797253.1
1103 aa
N
1
552
1103
LRRNT_2
LRR_4
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-68 aa PF12799 LRR_4 121-161 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF23598 LRR_14 162-274 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 193-214 aa PF00560 LRR_1 266-288 aa PF00560 LRR_1 364-385 aa PF00560 LRR_1 462-484 aa PF00560 LRR_1 536-557 aa PF00560 LRR_1 559-580 aa PF00560 LRR_1 583-605 aa PF00560 LRR_1 679-700 aa PF00069 Pkinase 823-1090 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 825-1094 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797253.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 68 3.1e-05 24.8 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797253.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 121 161 1.7e-30 105.1 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057797253.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 2.6e-48 152.2 Leucine Rich Repeat
XP_057797253.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 162 274 1.6e-44 152.9 Leucine-rich repeat region
XP_057797253.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 2.6e-48 152.2 Leucine Rich Repeat
XP_057797253.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 214 2.6e-48 152.2 Leucine Rich Repeat
XP_057797253.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 288 2.6e-48 152.2 Leucine Rich Repeat
XP_057797253.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 364 385 2.6e-48 152.2 Leucine Rich Repeat
XP_057797253.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 462 484 2.6e-48 152.2 Leucine Rich Repeat
XP_057797253.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 536 557 2.6e-48 152.2 Leucine Rich Repeat
XP_057797253.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 559 580 2.6e-48 152.2 Leucine Rich Repeat
XP_057797253.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 583 605 2.6e-48 152.2 Leucine Rich Repeat
XP_057797253.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 679 700 2.6e-48 152.2 Leucine Rich Repeat
XP_057797253.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 823 1090 2.6e-37 129.4 Protein kinase domain
XP_057797253.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 825 1094 1.9e-37 129.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941270.1
ATGGAGAAAAACATTTCTTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCCAATGATTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTATGAGCCTCGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATAGATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGGCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013206
ATGGAGAAAAACATTTCTTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCCAATGATTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTATGAGCCTCGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATAGATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797253.1
MEKNISCILQYAFLITITFPMISSEAKQPMSLATDQTALLSLKHRSLLLATNWTNSSSVCSWIGVTCSLRHHRVAALNLSNMALSGTIPPQLGHLSFLVSLDLSNNLFYGDLPQELSLLRRLKFISFRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEHLNLRNNNFIGSIPKSLSNLTNLRFLDLTSNSLSGEIPKELGRLQSLQTLYVRSNHLSNVIPSAIFNISTLVVIALRDNELSGSLPTNICSNLPFLAELGLSFNQLSGVIPTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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