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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000023

染色体: Chr02 坐标: 196026-242241 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000023
名称SmilChr02G000023
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向196026 - 242241 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012471
GeneID131012471
locus_tag-
NCBI NameLOC131012471
原始查询SmilChr02G000023

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT3G47090 (AT3G47090)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823862]
identity=38.5; qcov=1.07; evalue=8.11e-127; confidence=medium
RiceOs11g0208900
-
identity=43.9; qcov=0.991; evalue=5.4e-143; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012471

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796411.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796411.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796411.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796411.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796411.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:196414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B36,B37,D3
Chr2:196415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B69,B73,C8,C81
Chr2:196418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:196426 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr2:196430 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B73,C8,C81
Chr2:196460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,B37
Chr2:196495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B122
Chr2:196498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B45,B61,D1
Chr2:196513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B45,D1
Chr2:196514 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B69,B73,C41,C8
Chr2:196548 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B82,C72
Chr2:196556 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B23,B58,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796411.1
572 aa
N
1
286
572
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF13855 LRR_8 1-58 aa PF00560 LRR_1 2-21 aa PF00560 LRR_1 24-45 aa PF00560 LRR_1 47-68 aa PF00560 LRR_1 96-117 aa PF00560 LRR_1 122-141 aa PF00560 LRR_1 143-164 aa PF13855 LRR_8 143-202 aa PF00560 LRR_1 167-188 aa PF00069 Pkinase 310-509 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 313-511 aa
XP_057796412.1
572 aa
N
1
286
572
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF13855 LRR_8 1-58 aa PF00560 LRR_1 2-21 aa PF00560 LRR_1 24-45 aa PF00560 LRR_1 47-68 aa PF00560 LRR_1 96-117 aa PF00560 LRR_1 122-141 aa PF00560 LRR_1 143-164 aa PF13855 LRR_8 143-202 aa PF00560 LRR_1 167-188 aa PF00069 Pkinase 310-509 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 313-511 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796411.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 1 58 4.1e-20 72.0 Leucine rich repeat
XP_057796411.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 2 21 4.8e-25 82.9 Leucine Rich Repeat
XP_057796411.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 24 45 4.8e-25 82.9 Leucine Rich Repeat
XP_057796411.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 47 68 4.8e-25 82.9 Leucine Rich Repeat
XP_057796411.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 96 117 4.8e-25 82.9 Leucine Rich Repeat
XP_057796411.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 122 141 4.8e-25 82.9 Leucine Rich Repeat
XP_057796411.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 143 164 4.8e-25 82.9 Leucine Rich Repeat
XP_057796411.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 143 202 4.1e-20 72.0 Leucine rich repeat
XP_057796411.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 167 188 4.8e-25 82.9 Leucine Rich Repeat
XP_057796411.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 310 509 6.5e-38 131.3 Protein kinase domain
XP_057796411.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 313 511 7.1e-37 127.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057796412.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 1 58 4.1e-20 72.0 Leucine rich repeat
XP_057796412.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 2 21 4.8e-25 82.9 Leucine Rich Repeat
XP_057796412.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 24 45 4.8e-25 82.9 Leucine Rich Repeat
XP_057796412.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 47 68 4.8e-25 82.9 Leucine Rich Repeat
XP_057796412.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 96 117 4.8e-25 82.9 Leucine Rich Repeat
XP_057796412.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 122 141 4.8e-25 82.9 Leucine Rich Repeat
XP_057796412.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 143 164 4.8e-25 82.9 Leucine Rich Repeat
XP_057796412.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 143 202 4.1e-20 72.0 Leucine rich repeat
XP_057796412.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 167 188 4.8e-25 82.9 Leucine Rich Repeat
XP_057796412.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 310 509 6.5e-38 131.3 Protein kinase domain
XP_057796412.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 313 511 7.1e-37 127.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940428.1
AATTATCATAATACAATCACAATTTGCAGCCATGGAGAAAAAGTTTCACTGCATTTTTGCATATGCATTCCTAATTACCATATCCTTCCAAATGCTTTCTTGTATAGCCAACCAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTGCTTTCACTCAAACAACACATCATCTCCGACCCATCTCATATACTCGCAACGAATTGGACCAACTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGACTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACC...
XM_057940429.1
TCTTAACACGTTTTTCTTTTTGGGTCGTCCCACGAATCTTGACACATTTCCAAATAAGGTAACTTTTCTCTCCTACTTTATTACTTTTATTATTTTGTCTCTCCTATTTTATCACTTTTATCACATTCTCTTTCATACTTTATCACTTTTATACTTTATTAATTACACACTTAAAACACTAATGTACAATTCGTTAATTCCTGTGGTGTCAAGATTTGTGGGACGGAGGGAGTAGAAAAATAGGTTTAAATGTATAGATA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131012471
ATGGTATTGGATTTGCAAGGCAATGAGTTATCTGGTAGTATTCCACTAACTATAAGACATTTGCATGAACTTCAAGGATTAGATCTGTCTGATAACATGTTGGGAGGTTCCATTCCGCATGCTATATGCGATCTACTCAGCCTTGATACTTTATATTTACACGACAATCAATTTTCAGGCCCAATTCCTAAATGTCTGGGAAATGTCTCTTCTTTGAGAAATATTTTTTTGGAATCTAACATGTTGAATTCAAGCTTACC...
LOC131012471
ATGGTATTGGATTTGCAAGGCAATGAGTTATCTGGTAGTATTCCACTAACTATAAGACATTTGCATGAACTTCAAGGATTAGATCTGTCTGATAACATGTTGGGAGGTTCCATTCCGCATGCTATATGCGATCTACTCAGCCTTGATACTTTATATTTACACGACAATCAATTTTCAGGCCCAATTCCTAAATGTCTGGGAAATGTCTCTTCTTTGAGAAATATTTTTTTGGAATCTAACATGTTGAATTCAAGCTTACC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057796411.1
MVLDLQGNELSGSIPLTIRHLHELQGLDLSDNMLGGSIPHAICDLLSLDTLYLHDNQFSGPIPKCLGNVSSLRNIFLESNMLNSSLPSSLWGLKDLIKLDLSSNSLNGFLPQEISNLGAAIYINLSMNQLSGSVPSTIGKLQNLVNLSLSNNRLEGSIPVSVKSMVNLVTLDLSYNNLSGSIPKSIEALQHLDYFNVSFNNLSGEIPNGGSFRNFTMDSFKGNEALCGIPKFHVPICPVVSNHISKRKKVERALFIVLGV...
XP_057796412.1
MVLDLQGNELSGSIPLTIRHLHELQGLDLSDNMLGGSIPHAICDLLSLDTLYLHDNQFSGPIPKCLGNVSSLRNIFLESNMLNSSLPSSLWGLKDLIKLDLSSNSLNGFLPQEISNLGAAIYINLSMNQLSGSVPSTIGKLQNLVNLSLSNNRLEGSIPVSVKSMVNLVTLDLSYNNLSGSIPKSIEALQHLDYFNVSFNNLSGEIPNGGSFRNFTMDSFKGNEALCGIPKFHVPICPVVSNHISKRKKVERALFIVLGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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