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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000040

染色体: Chr02 坐标: 483264-487229 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000040
名称SmilChr02G000040
描述remorin-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向483264 - 487229 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012506
GeneID131012506
locus_tag-
NCBI NameLOC131012506
原始查询SmilChr02G000040

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述remorin-like
产物remorin-like
ArabidopsisAT3G61260 (AT3G61260)
Remorin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825298]
identity=62.6; qcov=0.898; evalue=3.72e-48; confidence=medium
RiceOs04g0533300 (OsREM1.5)
-
identity=67.5; qcov=0.92; evalue=1.11e-52; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03763 (Remorin_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012506

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796487.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057796487.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796487.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796487.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796487.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:483424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B66,B9
Chr2:483439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B35,C41
Chr2:483539 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796487.1
137 aa
N
1
68
137
Remorin_C
C
PF03763 Remorin_C 25-130 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796487.1 Pfam PF03763 Remorin_C Family 25 130 4.9e-30 104.2 Remorin, C-terminal region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940504.1
GGCATTTTTCAACTGCATATCCCTCTTCCACCTACCCTCCAAACCTTCCTTTTACTCTTTTCATCCCTCTCACATCCCACTCTTTAATCTCACACACACCTCATACACACACAGAAGCAAACATGGGAGAAGAAACAAAAACAGTGAATAAGCAAGATGACAGGGATGCTGTGCTTGCAAAACTGGAGATTGAGAAAAAATTGTCACTAATCAAAGCTTGGGAAGAAAACGAGAAAACAAAAGCTCAAAACAAGGCACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012506
ATGGGAGAAGAAACAAAAACAGTGAATAAGCAAGATGACAGGGATGCTGTGCTTGCAAAACTGGAGATTGAGAAAAAATTGTCACTAATCAAAGCTTGGGAAGAAAACGAGAAAACAAAAGCTCAAAACAAGGCACATAAAAAGTTATCAGACATAGATGCTTGGGAAAATACAAAAAGAGCAGCTGTGGAAGCACAACTGAAGCAGATTGAGGAAAAGTTTGAGAAGAAAAAGGCAGAATATGCAGAGAAGGTGAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796487.1
MGEETKTVNKQDDRDAVLAKLEIEKKLSLIKAWEENEKTKAQNKAHKKLSDIDAWENTKRAAVEAQLKQIEEKFEKKKAEYAEKVKNKEALVHKAAEEKRAMIEEDRSKEFLKAEQMAAKYLNSGSKPEKSCACFSC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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