Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000043`

染色体: Chr02 坐标: 555896-556763 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000043`
名称	SmilChr02G000043
描述	uncharacterized SmilChr02G000043
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	555896 - 556763 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012500`
GeneID	`131012500`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012500`
原始查询	`SmilChr02G000043`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826822]; symbol=AT4G12140; hit=AT4G12140; species=arabidopsis; confidence=low
产物	RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826822]; symbol=AT4G12140; hit=AT4G12140; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G12140` (AT4G12140) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826822] identity=34.4; qcov=0.423; evalue=4.65e-12; confidence=low
Rice	`Os12g0140200` - identity=42.4; qcov=0.277; evalue=3.61e-09; confidence=weak
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012500

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796481.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057796481.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057796481.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796481.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796481.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:556282`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B5,C46,C5
`Chr2:556358`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:556420`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr2:556471`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B90,B92,C12
`Chr2:556485`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,C12,C39,C71
`Chr2:556546`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr2:556621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B5,C46,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796481.1

213 aa

106

213

zf-RING_2

zf-RING_11

zf-C3HC4

PF13639 zf-RING_2 162-206 aa PF17123 zf-RING_11 163-192 aa PF00097 zf-C3HC4 163-205 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796481.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	162	206	1.3e-11	45.3	Ring finger domain
`XP_057796481.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	163	192	7.8e-08	32.6	RING-like zinc finger
`XP_057796481.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	163	205	9.1e-06	26.2	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940498.1
AACACTCTCTCTCCCAAATTATTGCCATTCTAACACACTATTCTCTCTCTCTTTTTTCTTCGATCTTTCTCGAAACCATGAACATAAAAAATAACTATTGTGCCGGCGTCGCCACCACCTTCAAAGTGACCCACCGGCTGCTCCGCCACTCCATCCTCCCTCACCTACGGATTAAATTCACCTTCTCCTTCAAAATTGAACACTTTTATATTCTAGACACAGAATATTCCCCAACTCCATTGTTTATTGAATGTTGCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012500
ATGAACATAAAAAATAACTATTGTGCCGGCGTCGCCACCACCTTCAAAGTGACCCACCGGCTGCTCCGCCACTCCATCCTCCCTCACCTACGGATTAAATTCACCTTCTCCTTCAAAATTGAACACTTTTATATTCTAGACACAGAATATTCCCCAACTCCATTGTTTATTGAATGTTGCCCTTCCGACGACAGCAGCTCCGCCACCGTGCACGTCGGAGCAATCTTGTCATTCAAGGATGTGGCGGAGGCTGTCGTTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796481.1
MNIKNNYCAGVATTFKVTHRLLRHSILPHLRIKFTFSFKIEHFYILDTEYSPTPLFIECCPSDDSSSATVHVGAILSFKDVAEAVVRGVGNRLTDDKSRELIVRAWEEIREEFPPETRLPRLKTLDLGFDVKIKHHHLFVKRYRPRSLEKHRGGGGDDEERCCCICLQELGGGGGGGEFWMPCSHVFHDGCVKEWLRRSRTCPLCRYETRCPK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器