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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000044

染色体: Chr02 坐标: 593910-596743 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000044
名称SmilChr02G000044
描述uncharacterized SmilChr02G000044
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向593910 - 596743 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012495
GeneID131012495
locus_tag-
NCBI NameLOC131012495
原始查询SmilChr02G000044

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]; symbol=AT1G05270; hit=AT1G05270; species=arabidopsis; confidence=high
产物TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]; symbol=AT1G05270; hit=AT1G05270; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G05270 (AT1G05270)
TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]
identity=47.4; qcov=0.75; evalue=4.36e-63; confidence=high
RiceOs05g0499500
-
identity=48.1; qcov=0.78; evalue=1.63e-62; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012495

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057796465.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057796465.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057796465.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796465.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796465.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:594411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,B37
Chr2:594625 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B20,B6,B64,C12,C24
Chr2:594642 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B1,C74,D10
Chr2:594642 AG A 1bp_deletion CDS_variant 3 B1,C74,D10
Chr2:594704 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:594827 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 9 B10,B76,B87,B97,C13,C43,C46,C47,C52
Chr2:594832 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 11 B10,B21,B25,B76,B87,B97,C13,C43,C46,C47,C52
Chr2:594835 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 11 B10,B21,B25,B76,B87,B97,C13,C43,C46,C47,C52
Chr2:594838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B90,C58,C74
Chr2:594848 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 11 B10,B21,B25,B76,B87,B97,C13,C43,C46,C47,C52
Chr2:594881 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B42,C45
Chr2:594881 C CG 1bp_insertion CDS_variant 2 B42,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940482.1
CTCATAGTCTCATATTTCTACTGATTCCAAAATTAGAACTTGGAATAAGCCAAATATGTACGGATTGAACCGTCTCAAATCGGCAAACCTCTCACCCGCTCGCTTCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCCCTATGCGAAACGGTTGCTCAGATCCTCTCGCCATTCTCTCGCAGCGACACCAGGAATTGATAATTTTGCTAGCATCGGCGAGGCGGGTAAGATTAGTGACCGTCGCAACAACTATGAGAGGAAAATGCTGCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012495
ATGTACGGATTGAACCGTCTCAAATCGGCAAACCTCTCACCCGCTCGCTTCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCCCTATGCGAAACGGTTGCTCAGATCCTCTCGCCATTCTCTCGCAGCGACACCAGGAATTGATAATTTTGCTAGCATCGGCGAGGCGGGTAAGATTAGTGACCGTCGCAACAACTATGAGAGGAAAATGCTGCCGCCGGCGCTCTCGAGGATTGTGGCGACGCTCACGTGCGAGTCATCTGCGGACGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796465.1
MYGLNRLKSANLSPARFAAAAAAPYAKRLLRSSRHSLAATPGIDNFASIGEAGKISDRRNNYERKMLPPALSRIVATLTCESSADGGFCDVYLVGADKHAESRREVQAVIQSLKPQVVFLGLCASRDYVLTCQKVEVPTIREMVDMLKKKQNPFWRLYKWYLVRNDSQCEASDVYREAYEEALEYGGKVVLGDRPREISFQRYWAKTSLWELYAFHFINLTVRLPEELFDKAKDDGEIDNLIIQTMNKKYPVITETFFHE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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