Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000065`

染色体: Chr02 坐标: 852972-854689 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000065`
名称	SmilChr02G000065
描述	clathrin light chain 1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	852972 - 854689 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012494`
GeneID	`131012494`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012494`
原始查询	`SmilChr02G000065`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	clathrin light chain 1-like
产物	clathrin light chain 1-like
Arabidopsis	`AT2G20760` (AT2G20760) Clathrin light chain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816605] identity=51; qcov=0.823; evalue=9.51e-69; confidence=high
Rice	`Os04g0679100` - identity=69.3; qcov=0.492; evalue=2.45e-56; confidence=medium
GO	GO:0005198 (structural molecule activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0030130 (clathrin coat of trans-Golgi network vesicle); GO:0030132 (clathrin coat of coated pit); GO:0032050 (clathrin heavy chain binding); GO:0048268 (clathrin coat assembly); GO:0072583 (clathrin-dependent endocytosis)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012494

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057796464.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057796464.1`
3	Cytoskeleton	细胞骨架	0.60000	`XP_057796464.1`
4	Cell projection	细胞突起	0.20000	`XP_057796464.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796464.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:853108`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,B88
`Chr2:853113`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B33,B46,B82,C60
`Chr2:853153`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C44,D7
`Chr2:853198`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr2:853208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr2:853242`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C44,D7
`Chr2:853298`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,C3,C58,C9
`Chr2:853313`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,B46,B82
`Chr2:853316`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr2:853355`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,C58,C9
`Chr2:853372`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B23,B3,B30,C33
`Chr2:853412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940481.1
AACAGCTGAAATGCACCGCTTTCTTCTCCAAATCTCATCACACACACATTGACACACACTACTATACATACACATATACATACACGAATCAGGTTTCGGGAAAAAATGGAAGGATTTGACGAAGATGTCTACGTCGGACGAAACGACGCCGGGGACGAGAACGCCATGCACTACGGCTACGACGGCGGCGCACCACCGCCGCCGCCGCCGATGGACGGATTATCCCGAAACGACGGCATGCAGGGATACGACTTCGGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012494
ATGGAAGGATTTGACGAAGATGTCTACGTCGGACGAAACGACGCCGGGGACGAGAACGCCATGCACTACGGCTACGACGGCGGCGCACCACCGCCGCCGCCGCCGATGGACGGATTATCCCGAAACGACGGCATGCAGGGATACGACTTCGGCGGCGGCGGCGCACCACCAACACCGCCGCCGATCGAGGGATACGGGCAGGGGAAGCCGTACGACCTCTCGGCGGACAGCGAGGGCATCTTCGCGGCGGCGGACGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796464.1
MEGFDEDVYVGRNDAGDENAMHYGYDGGAPPPPPPMDGLSRNDGMQGYDFGGGGAPPTPPPIEGYGQGKPYDLSADSEGIFAAADGGGPLLPDPSEMREQGSAFREWRRQNMIYLEEKEKKEKELRNQIIAEADEWKRKFYEKRNQNCETNKTHNREREKIYYAQQEKFHKEADNQFWKAIAEIIPREVPNLEKRRGKKDDEKKPAVFVVQGPKPGKPTDMARMRQILAKLKTNPPLHMRPPPPKEEGKDGKPEAKKNNE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器