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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000068

染色体: Chr02 坐标: 871668-875068 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000068
名称SmilChr02G000068
描述probable polyol transporter 4
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向871668 - 875068 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012476
GeneID131012476
locus_tag-
NCBI NameLOC131012476
原始查询SmilChr02G000068

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable polyol transporter 4
产物probable polyol transporter 4
ArabidopsisAT2G20780 (AT2G20780)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816607]
identity=69.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0529800
-
identity=63.7; qcov=0.968; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005366 (myo-inositol:proton symporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012476

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057796425.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057796425.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796425.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796425.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796425.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:872119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B122
Chr2:872136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr2:872185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr2:872332 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C69
Chr2:872412 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:872447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B106,C68,C71
Chr2:872540 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr2:872563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr2:872593 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B127,B22,B94,C6
Chr2:872629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,B25,B5
Chr2:872746 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B101,B108,B25,C43
Chr2:872767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B114,B29,B46,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796425.1
532 aa
N
1
266
532
Sugar_tr
MFS_1
C
PF00083 Sugar_tr 66-509 aa PF07690 MFS_1 71-458 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796425.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 66 509 5.5e-108 362.5 Sugar (and other) transporter
XP_057796425.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 71 458 1.1e-32 114.1 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940442.1
AAATAAAAAAATAAATTAAAAAAAGAATTAACAAAAATGGGATTTTCTTACATGAACCAAAAAGAAGTTCCCCACTTGTCAATTAAAAGTCTTCATCACTCCCAATTTCAGATCTGCAAAACAAGCCCTCCTCTCCCCCAATCCCCACACCTGTCTACTGTTTCAAGAATCTAAGCTGAGAGCTCTTGAAACCGTTGCAAAGTTCCGTTTTTTCGGTTGGAATCGGCGGTTTGGGGAGATGGGCCTGCCCAAAATCCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012476
ATGGGCCTGCCCAAAATCCAAGAAAATGGGAACGTGGAGATGGGCTTGCCGTTGGGAGCCAGCAACAAATACACAAGAATGGATGATGACTCTGAGCTGAGAAACGGCGACGTTTTTGGTGAAGATTATGATGCGGCGGAGCACCACCGTCAGATGCAGCGGAGCAAAACCACTCGGAAATATGTGTTTGCTTGCTCTGTTTTCGCCTCTCTCAACAGCGTGCTTCTTGGCTACGATGTGGGAGTGATGAGTGGAGCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796425.1
MGLPKIQENGNVEMGLPLGASNKYTRMDDDSELRNGDVFGEDYDAAEHHRQMQRSKTTRKYVFACSVFASLNSVLLGYDVGVMSGAILFIQEDLKITEVQQEVLIGILSVMSLLGSLGGGRTSDAIGRKWTMGLAAIIFQLGAVVMTFAPTFRVLMIGRILSGIGIGFGVMIAPVYIAEISPTIARGSLTSFPEIFINLGILLGYVSNYVFSGLPAHTNWRVMLAVGILPSIFIAFALCIIPESPRWLVLQGRVEEARSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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