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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000073

染色体: Chr02 坐标: 920609-921277 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000073
名称SmilChr02G000073
描述uncharacterized SmilChr02G000073
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向920609 - 921277 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013660
GeneID131013660
locus_tag-
NCBI NameLOC131013660
原始查询SmilChr02G000073

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]; symbol=AT3G07510; hit=AT3G07510; species=arabidopsis; confidence=high
产物maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]; symbol=AT3G07510; hit=AT3G07510; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G07510 (AT3G07510)
maternal effect embryo arrest protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819939]
identity=81.6; qcov=0.973; evalue=1.99e-89; confidence=high
RiceOs10g0178200
-
identity=64.5; qcov=0.935; evalue=2.52e-68; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013660

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057797769.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057797769.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057797769.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797769.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797769.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:920615 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B44,B85
Chr2:920615 G GA 1bp_insertion CDS_variant 2 B44,B85
Chr2:920617 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B101
Chr2:920617 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B101
Chr2:920626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr2:920689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr2:920755 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B111,C6
Chr2:920863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B20
Chr2:920890 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr2:920899 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B51,C3
Chr2:920916 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B136
Chr2:920916 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941786.1
CTACCCGAACCCTACTCCCCGCCGCGCTCCGGCGGCGGGGCGGCGGCCGCCACCACGAGCGTCCACGTGACCGCCCTGGACGGCCTGGTGAACGTGAACTCCCTCTTCACCATCGCCGTCTTCGTCGGCCTCTCCCTGGCGACGCCGGGGCAGCACAGCCTCGAGAACCCCTCCGCCTGCGACGCCGGCGTCGACGTGGCGAAGAAGCTGCTGGTCTTCGAGGTGGTGTCGTTCAGCTTCTTCCTCTTCTCGTCGCTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013660
CTACCCGAACCCTACTCCCCGCCGCGCTCCGGCGGCGGGGCGGCGGCCGCCACCACGAGCGTCCACGTGACCGCCCTGGACGGCCTGGTGAACGTGAACTCCCTCTTCACCATCGCCGTCTTCGTCGGCCTCTCCCTGGCGACGCCGGGGCAGCACAGCCTCGAGAACCCCTCCGCCTGCGACGCCGGCGTCGACGTGGCGAAGAAGCTGCTGGTCTTCGAGGTGGTGTCGTTCAGCTTCTTCCTCTTCTCGTCGCTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797769.1
LPEPYSPPRSGGGAAAATTSVHVTALDGLVNVNSLFTIAVFVGLSLATPGQHSLENPSACDAGVDVAKKLLVFEVVSFSFFLFSSLVAQGLKLAINLLNSKDVDEIFRAHINLKVLRFGMMASAIGSVMGCLFLMLSMVNVIQIRLGMLSCGSRSAVHAVTALIVLVTSALLVYISTAVYAFLH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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