当前解析结果
SmilChr02G000092| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000092 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000092 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G000092 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 1204176 - 1206430 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131007564 |
|---|---|
| GeneID | 131007564 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007564 |
| 原始查询 | SmilChr02G000092 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0315200- identity=34.7; qcov=0.402; evalue=1.44e-21; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007564 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057790457.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057790457.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057790457.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790457.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790457.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:1204200 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B16,B29,B40,C35,D8 |
Chr2:1204209 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | C12,C27 |
Chr2:1204209 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C12,C27 |
Chr2:1204224 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A19,B72 |
Chr2:1204251 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | B72,C10,C24,C26,C29,D4 |
Chr2:1204269 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,B77 |
Chr2:1204273 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B23,C15,D3 |
Chr2:1204285 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B37,C15 |
Chr2:1204286 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B77 |
Chr2:1204286 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr2:1204305 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr2:1204329 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B76,C54 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790457.1PF03732
PEG10_N-capsid 44-106 aa
PF13650
Asp_protease_2 208-286 aa
PF13975
gag-asp_proteas 208-289 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 208-306 aa
PF08284
RVP_2 209-306 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790457.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 44 | 106 | 4.5e-11 | 43.6 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
XP_057790457.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 208 | 286 | 2e-07 | 32.3 | Aspartyl protease |
XP_057790457.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 208 | 289 | 1.8e-08 | 35.5 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057790457.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 208 | 306 | 1.6e-11 | 45.3 | PEG10/RTL1 protease domain |
XP_057790457.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 209 | 306 | 2.1e-22 | 80.1 | Retroviral aspartyl protease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。