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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000112

染色体: Chr02 坐标: 1426595-1427393 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000112
名称SmilChr02G000112
描述uncharacterized SmilChr02G000112
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向1426595 - 1427393 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012534
GeneID131012534
locus_tag-
NCBI NameLOC131012534
原始查询SmilChr02G000112

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012534

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796499.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796499.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796499.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796499.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057796499.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:1426647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B105,C54,C65
Chr2:1426655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,C18,C63
Chr2:1426671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:1426711 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A24,B28,D3
Chr2:1426745 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B10,B110,B39,B4,C14,C17
Chr2:1426794 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 70 A1,A11,A8,A9,B1,B10,B100,B108,B112,B118,B122,B125,B126,B129,B133,B140,B15,B19,B2,B27,B30,B34,B36,B42,B43,B47,B59,B6,B69,B71,B72,B82,B83,B9,B90,B92,B97,B98,C13,C17,C18,C2,C20,C25,C28,C30,C33,C35,C36,C37,C38,C4,C45,C46,C48,C5,C59,C63,C65,C69,C71,C73,C74,C76,C79,C82,C85,C87,D5,D9
Chr2:1426796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B123
Chr2:1426817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B105,B75,C65
Chr2:1426826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B5,B54
Chr2:1426841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C27
Chr2:1426864 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B94,C37,C41,C71
Chr2:1426875 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 81 A10,A13,A14,A18,A19,A21,A23,A24,A25,A3,A9,B103,B106,B11,B112,B113,B115,B117,B118,B120,B123,B125,B129,B13,B131,B133,B134,B136,B19,B26,B28,B36,B37,B4,B42,B47,B48,B49,B50,B54,B57,B65,B67,B75,B76,B81,B84,B85,B87,B89,B93,B95,B99,C11,C14,C16,C18,C2,C23,C31,C32,C33,C38,C39,C40,C44,C45,C51,C52,C58,C6,C61,C62,C65,C68,C74,C79,C8,C80,C81,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940516.1
GCCAACTGATTGGTCCTACGCCGACTAGAAGACTTCATTTTTTCTAACACTATATGCTGAGATACAGGCACATCATGGAGATTTGCTTTCTGTCGTAGACATGTTTTTCTTCCCGGTGTACGAAAAAGAAAAGTACTATGCTTTGTGTTTCGATACACGTCGTCAGCGACTGTATATACTAGACAACACTAATGAAGTAACTGGAGATGCAAATGACACCAAATATAGGGGTGTATGCCGCGATCTGCGTAAACTATTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012534
ATGTTTTTCTTCCCGGTGTACGAAAAAGAAAAGTACTATGCTTTGTGTTTCGATACACGTCGTCAGCGACTGTATATACTAGACAACACTAATGAAGTAACTGGAGATGCAAATGACACCAAATATAGGGGTGTATGCCGCGATCTGCGTAAACTATTGGCCGACTTCCTATACTACCACAACGATGAGAGAAAGGCGAAGGCAGTGGCTAACTCAGTTGAGCATGTCGTCAAAATGTCGTGGGCTGATAGTAAGAACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796499.1
MFFFPVYEKEKYYALCFDTRRQRLYILDNTNEVTGDANDTKYRGVCRDLRKLLADFLYYHNDERKAKAVANSVEHVVKMSWADSKNEVDTGVYLMRHLETFMGDVTKGWTCNLSNKRPQQLTRLRIRYCASIVAWEGNSEKKEIGDKASYTFTEMCKNPGFNVNSILLG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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