Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000129

染色体: Chr02 坐标: 1754409-1755279 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000129
名称SmilChr02G000129
描述probable carboxylesterase 7
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向1754409 - 1755279 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007577
GeneID131007577
locus_tag-
NCBI NameLOC131007577
原始查询SmilChr02G000129

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable carboxylesterase 7
产物probable carboxylesterase 7
ArabidopsisAT2G03550 (AT2G03550)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814884]
identity=57.1; qcov=0.719; evalue=1.9e-31; confidence=medium
RiceOs06g0214300
-
identity=48; qcov=0.685; evalue=1.68e-29; confidence=medium
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007577

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057790467.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057790467.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790467.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790467.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790467.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:1754412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B69,C42,D8
Chr2:1754429 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr2:1754430 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,C24,C27
Chr2:1754432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B64,B80,C14,C82
Chr2:1754471 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 5 A3,B130,B24,B4,C30
Chr2:1754471 C CCA 2bp_insertion CDS_variant 5 A3,B130,B24,B4,C30
Chr2:1754472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B130,B24,B4,C30
Chr2:1754477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr2:1754540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B33,D7
Chr2:1754596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B76
Chr2:1754655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr2:1754743 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934484.1
ATGGCCAACGAGATACTCCACGACTTCTTCCCTTTGCTTAGAGTCTACAAAAATGGCCGAATCGAGAGGCTAATGGGCCAAGAAACCGTTCCCCCATCTCTCGATCCAGCCACGGGGGTTCAATCCAAAGACATCGACATCGCGCCGGAGATCAACCTCTCCGCCCGCATTTACCTGCCGCCCAACGCCGACCGGAGCAAAAAGCTCCCCCTTCTCGTCTACTACCACGACGGCGCCTTCATCATCGAATCCGCTTTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007577
ATGGCCAACGAGATACTCCACGACTTCTTCCCTTTGCTTAGAGTCTACAAAAATGGCCGAATCGAGAGGCTAATGGGCCAAGAAACCGTTCCCCCATCTCTCGATCCAGCCACGGGGGTTCAATCCAAAGACATCGACATCGCGCCGGAGATCAACCTCTCCGCCCGCATTTACCTGCCGCCCAACGCCGACCGGAGCAAAAAGCTCCCCCTTCTCGTCTACTACCACGACGGCGCCTTCATCATCGAATCCGCTTTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790467.1
MANEILHDFFPLLRVYKNGRIERLMGQETVPPSLDPATGVQSKDIDIAPEINLSARIYLPPNADRSKKLPLLVYYHDGAFIIESAFSSQYQKHLNHLVAQANDAAGAFGESGRERGVGGRGMGQREREVNDAVLQISCSDEANIFI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器