Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000140`

染色体: Chr02 坐标: 1873490-1874531 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000140`
名称	SmilChr02G000140
描述	transcription factor bHLH52-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	1873490 - 1874531 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012558`
GeneID	`131012558`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012558`
原始查询	`SmilChr02G000140`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor bHLH52-like
产物	transcription factor bHLH52-like
Arabidopsis	`AT1G30670` (AT1G30670) basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839947] identity=39.8; qcov=0.745; evalue=3.27e-22; confidence=medium
Rice	`Os01g0566800` (OsbHLH117) - identity=52.7; qcov=0.226; evalue=1.04e-11; confidence=weak
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF00010 (HLH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012558

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796527.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796527.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796527.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796527.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057796527.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:1873640`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B23,B31,B91,C29
`Chr2:1873643`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B134,B21
`Chr2:1873653`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B108,B65,B75,B95,B97,C46
`Chr2:1873741`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A9
`Chr2:1873741`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A9
`Chr2:1873790`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C49,C82,C85,D3
`Chr2:1873796`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C49,C85,D3
`Chr2:1873807`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B71,C66
`Chr2:1873807`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B71,C66
`Chr2:1873820`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B66,B67,B94,C4,C74
`Chr2:1873829`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C26
`Chr2:1873845`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B66,B67,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796527.1

243 aa

122

243

HLH

PF00010 HLH 132-176 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796527.1`	Pfam	`PF00010`	HLH	Domain	132	176	8.2e-07	29.5	Helix-loop-helix DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940544.1
CTGTCATCATCATGTTCTAACACTTGAGATATGGATTTCACAGGTAATCCCTTCTTCATCAATGGCGTTGAGCTACTACTCCAACTGGACCTCTTTTCAGCAGCCAGACTACTCCGGCGATGATCCAGAGCTCCAATCTCTGTTGAACCCGGACAACTATTTCGCCGACTCCTTCTGCAACTCTCTTCTCTGCGACGACCTCACTTATCATGCTAATGGACTTCCCTTGGATTTGGATAATCTCACAACTGCAACCCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012558
ATGGCGTTGAGCTACTACTCCAACTGGACCTCTTTTCAGCAGCCAGACTACTCCGGCGATGATCCAGAGCTCCAATCTCTGTTGAACCCGGACAACTATTTCGCCGACTCCTTCTGCAACTCTCTTCTCTGCGACGACCTCACTTATCATGCTAATGGACTTCCCTTGGATTTGGATAATCTCACAACTGCAACCCAACCCCCACCCTTTCTTTTGCCGCACCAACAACAACAATTCCAGGCGCCCTTGTTCCACTTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796527.1
MALSYYSNWTSFQQPDYSGDDPELQSLLNPDNYFADSFCNSLLCDDLTYHANGLPLDLDNLTTATQPPPFLLPHQQQQFQAPLFHFPKRHKLYDYSLPEFVLPPPLPQFPAADFSTRICESAKNETSLSAQSIAARQRRRKITMKTQELGKLVPGGQRMNTAEMLQSAYNYLKFLQAQVALLEFLGSHHQEVPFEGEEELQNLLESPLIQEKLYSTQHCLLPNKLAEQVPLLKSNPHLLEKDH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器