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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000146

染色体: Chr02 坐标: 1945439-1950272 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000146
名称SmilChr02G000146
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向1945439 - 1950272 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007582
GeneID131007582
locus_tag-
NCBI NameLOC131007582
原始查询SmilChr02G000146

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT1G17230 (AT1G17230)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838294]
identity=34.4; qcov=0.943; evalue=8.42e-151; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=36.4; qcov=0.996; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007582

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790468.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790468.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790468.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790468.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790468.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:1945448 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C65,D5
Chr2:1945475 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr2:1945484 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C65,D5
Chr2:1945497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr2:1945507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr2:1945566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr2:1945630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr2:1945705 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B129
Chr2:1945705 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr2:1946739 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B137,B71
Chr2:1946739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B71
Chr2:1946811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790468.1
1107 aa
N
1
554
1107
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00560 LRR_1 199-221 aa PF00560 LRR_1 223-245 aa PF13855 LRR_8 247-307 aa PF13855 LRR_8 295-355 aa PF00560 LRR_1 296-318 aa PF00560 LRR_1 320-342 aa PF00560 LRR_1 344-366 aa PF00560 LRR_1 418-439 aa PF13855 LRR_8 418-476 aa PF00560 LRR_1 536-558 aa PF00560 LRR_1 586-607 aa PF00560 LRR_1 633-654 aa PF13855 LRR_8 729-788 aa PF00560 LRR_1 753-774 aa PF00069 Pkinase 828-1095 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 829-1098 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790468.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 199 221 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790468.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 223 245 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790468.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 247 307 4e-43 145.7 Leucine rich repeat
XP_057790468.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 295 355 4e-43 145.7 Leucine rich repeat
XP_057790468.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 296 318 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790468.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 320 342 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790468.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 344 366 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790468.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 418 439 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790468.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 418 476 4e-43 145.7 Leucine rich repeat
XP_057790468.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 536 558 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790468.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 586 607 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790468.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 633 654 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790468.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 729 788 4e-43 145.7 Leucine rich repeat
XP_057790468.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 753 774 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057790468.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 828 1095 1.7e-37 130.0 Protein kinase domain
XP_057790468.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 829 1098 1.7e-38 133.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934485.1
ATGCCGACGGCATCCAAACGTAGCAACTATTATCCGGCAAAAACGGTGCTAATTTGCCGTTTGTATTGCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGTCGACCAAAAAGGGGCGAAGTTTTGGGGCTCCCTCTGCGCCGAGTACAACGATAAAAGGCCCGAAAGATCTATTTCACGCGACGTCACGCAAATCAAATCTCACTTTCAACGGGTGTCGAAGGATGCGAAGAGGTTTGAGGCCATGCACAAAAAATGCCACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007582
ATGCCGACGGCATCCAAACGTAGCAACTATTATCCGGCAAAAACGGTGCTAATTTGCCGTTTGTATTGCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGTCGACCAAAAAGGGGCGAAGTTTTGGGGCTCCCTCTGCGCCGAGTACAACGATAAAAGGCCCGAAAGATCTATTTCACGCGACGTCACGCAAATCAAATCTCACTTTCAACGGGTGTCGAAGGATGCGAAGAGGTTTGAGGCCATGCACAAAAAATGCCACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790468.1
MPTASKRSNYYPAKTVLICRLYCEHTHDSVVGVDQKGAKFWGSLCAEYNDKRPERSISRDVTQIKSHFQRVSKDAKRFEAMHKKCHDQWKSGMSDIQILEQAEAMWLAEYRVPFRWIGVTCNLRHPRVAALNLSNMALSGTIPPQLGHLSFLIYLNLKSNLFHGDLPQELSLLRRLKFISLRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEYLNLRNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLSLSSNSLSGEIPKEFARLQSLKNLYVEFNRLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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