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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000150`

染色体: Chr02 坐标: 1988391-1988951 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000150`
名称	SmilChr02G000150
描述	putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	1988391 - 1988951 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007593`
GeneID	`131007593`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007593`
原始查询	`SmilChr02G000150`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
产物	putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT1G12700` (RPF1) RNA processing FACTOR [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837825] identity=39.5; qcov=0.995; evalue=2.94e-41; confidence=medium
Rice	`Os08g0248400` - identity=35; qcov=0.984; evalue=1.29e-33; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007593

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.80000	`XP_057790482.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057790482.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790482.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790482.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790482.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:1988431`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67
`Chr2:1988442`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr2:1988451`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	B104,B111,B33,B71,C2,C44,C6,C60
`Chr2:1988460`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B124,C48,D2
`Chr2:1988460`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B124,C48,D2
`Chr2:1988508`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B101,B57,C77,C8
`Chr2:1988517`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr2:1988529`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B47,C10,C39,C53
`Chr2:1988533`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B57,C77,C8
`Chr2:1988576`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,C52
`Chr2:1988703`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr2:1988872`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790482.1

186 aa

186

PPR_2

PPR

PPR_1

PPR_2

PPR

PPR_1

PPR_2

PPR

PPR_3

PPR_1

PPR_2

PPR

PF13041 PPR_2 32-82 aa PF01535 PPR 35-60 aa PF12854 PPR_1 66-93 aa PF13041 PPR_2 68-119 aa PF01535 PPR 72-100 aa PF12854 PPR_1 102-131 aa PF13041 PPR_2 105-154 aa PF01535 PPR 109-138 aa PF13812 PPR_3 129-184 aa PF12854 PPR_1 136-168 aa PF13041 PPR_2 141-185 aa PF01535 PPR 143-171 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790482.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	32	82	7e-51	170.9	PPR repeat family
`XP_057790482.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	35	60	7e-27	92.5	PPR repeat
`XP_057790482.1`	Pfam	`PF12854`	PPR_1	Repeat	66	93	4.9e-38	129.3	PPR repeat
`XP_057790482.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	68	119	7e-51	170.9	PPR repeat family
`XP_057790482.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	72	100	7e-27	92.5	PPR repeat
`XP_057790482.1`	Pfam	`PF12854`	PPR_1	Repeat	102	131	4.9e-38	129.3	PPR repeat
`XP_057790482.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	105	154	7e-51	170.9	PPR repeat family
`XP_057790482.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	109	138	7e-27	92.5	PPR repeat
`XP_057790482.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	129	184	1.4e-13	51.5	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057790482.1`	Pfam	`PF12854`	PPR_1	Repeat	136	168	4.9e-38	129.3	PPR repeat
`XP_057790482.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	141	185	7e-51	170.9	PPR repeat family
`XP_057790482.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	143	171	7e-27	92.5	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934499.1
ATGTTGAGTATTGTGATTGATTGCCACTGCCGACTGAAAAGGCCTAATTTTGGGTTTGCGATTTTAGGCATTTTTTTGAAGAGTGGGTACGAGCCTACTATTGTAACCTTTGACACTCTTATTAAAGGGTTATTGTTGGTTGGAAGGATCCCAGAGGCAGCTAAAGTGTTTTGGAAGTTGTTGGCCTACCAACTGTGCGAGCCCGATGAACATACATATAGTACTATGATTAATAGGTTCTGCAAAGCTAGAGATACTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007593
ATGTTGAGTATTGTGATTGATTGCCACTGCCGACTGAAAAGGCCTAATTTTGGGTTTGCGATTTTAGGCATTTTTTTGAAGAGTGGGTACGAGCCTACTATTGTAACCTTTGACACTCTTATTAAAGGGTTATTGTTGGTTGGAAGGATCCCAGAGGCAGCTAAAGTGTTTTGGAAGTTGTTGGCCTACCAACTGTGCGAGCCCGATGAACATACATATAGTACTATGATTAATAGGTTCTGCAAAGCTAGAGATACTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790482.1
MLSIVIDCHCRLKRPNFGFAILGIFLKSGYEPTIVTFDTLIKGLLLVGRIPEAAKVFWKLLAYQLCEPDEHTYSTMINRFCKARDTLEAIDLLCLLEKEKVNCKPNVYAYSAVIDGLCKEGKVDDGLQLFSSLGDKGISANVVTYNPIIEGLCNMRIMDEAEDILKKMIANEVCPDVWTCNIFVNL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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