Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000156`

染色体: Chr02 坐标: 2021802-2025058 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000156`
名称	SmilChr02G000156
描述	lanC-like protein GCL2
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	2021802 - 2025058 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012571`
GeneID	`131012571`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012571`
原始查询	`SmilChr02G000156`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lanC-like protein GCL2
产物	lanC-like protein GCL2
Arabidopsis	`AT2G20770` (GCL2) GCR2-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816606] identity=67.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0497900` - identity=56.9; qcov=1; evalue=8.53e-173; confidence=high
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0031179 (peptide modification)
KEGG	-
Pfam	PF05147 (LANC_like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012571

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057796537.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057796537.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057796537.1`
4	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057796537.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796537.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:2021931`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,A7,B105,C26
`Chr2:2022083`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B57
`Chr2:2022083`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B57
`Chr2:2022232`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B33
`Chr2:2022232`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B33
`Chr2:2022623`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B87
`Chr2:2022623`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B87
`Chr2:2023051`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C36
`Chr2:2023073`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B3,B54
`Chr2:2023078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr2:2023961`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr2:2024008`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796537.1

422 aa

211

422

LANC_like

PF05147 LANC_like 81-421 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796537.1`	Pfam	`PF05147`	LANC_like	Repeat	81	421	2e-97	326.7	Lanthionine synthetase C-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940554.1
ACCACCTCTTCTTCGTTGACCACCGTTGTCATATAAGTCAACCCCATCTCGTTTCGCTTCATCTGCTTAACAAAAAAACAACTGAAACACAAGCAAGAGTTCAACAATGGCGGACCGCTTCTTCCAGAACGAGATGCCCGACTTCGTGCAAGAAAACCCCAACGTGATCGAAGAGGAAGCGAAGGAAAATCGTGGAAGGGTTCAAATTAACCCGCAAGGCACTCGCGACTCGCTCATGAGGTTTCTCTCACTACCTCACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012571
ATGGCGGACCGCTTCTTCCAGAACGAGATGCCCGACTTCGTGCAAGAAAACCCCAACGTGATCGAAGAGGAAGCGAAGGAAAATCGTGGAAGGGTTCAAATTAACCCGCAAGGCACTCGCGACTCGCTCATGAGGTTTCTCTCACTACCTCACTCCTCTCTCTCTCAGATGCTCCAGCGCGCTGCCCTCGACCTCAAAGAAACTATTGTGGTGGAGACGTGGGGACTGAGCGGGCAACGGGTGGAGGACTTTTCTCTCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796537.1
MADRFFQNEMPDFVQENPNVIEEEAKENRGRVQINPQGTRDSLMRFLSLPHSSLSQMLQRAALDLKETIVVETWGLSGQRVEDFSLYAGTLGTAYLLLKSFQVTRNKNDLSLCLEIVKACDSSSTRSRDVTFLCGRAGVCALGAVAAEYVGDGKLSDYYISQFKEIKLSKDHQDELLYGRAGYLWTCLFLNKNFGRDTIPATSTGAIAKEIIRNGRKLGKRGGCPLMFEWHGQRYWGAAHGLAGIMHVLMDFELTSDELE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器