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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000159

染色体: Chr02 坐标: 2061494-2062016 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000159
名称SmilChr02G000159
描述uncharacterized SmilChr02G000159
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向2061494 - 2062016 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007595
GeneID131007595
locus_tag-
NCBI NameLOC131007595
原始查询SmilChr02G000159

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007595

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790484.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057790484.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057790484.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790484.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790484.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:2061495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,C37
Chr2:2061520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C16,C3,C53
Chr2:2061594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,C35,C42,D6
Chr2:2061599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B102
Chr2:2061600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,C10
Chr2:2061618 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 2 B3,C61
Chr2:2061618 ATC A 2bp_deletion CDS_variant 2 B3,C61
Chr2:2061620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,A8,C83
Chr2:2061622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B92,C43,C49,C86,D10
Chr2:2061629 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B27,B51,C1
Chr2:2061629 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B51,C1
Chr2:2061630 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 8 A1,B14,B17,B63,C31,C32,C33,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934501.1
ATGTCGAATTTGTCACTGAAATGTTTGATAGAAACAAACAAGTTGACTGGGTCAAACTTCACGGATTGGCTCCGTTGCTTGCGTCTGGTCTTAAGGCTAGAGAAGATTGAGTATGTCTTGGACAACCCAATCACTGTCATTCCTGACAAGCAGTCTGCTGAGTATGCATCATTTGATGAAGCTGCTCACAAGAAGCATGTCGAGGATGCAACATCGGCACAATGTAGTCTGTATGCTTCAGAAGCTCAGACTATGGAGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007595
ATGTCGAATTTGTCACTGAAATGTTTGATAGAAACAAACAAGTTGACTGGGTCAAACTTCACGGATTGGCTCCGTTGCTTGCGTCTGGTCTTAAGGCTAGAGAAGATTGAGTATGTCTTGGACAACCCAATCACTGTCATTCCTGACAAGCAGTCTGCTGAGTATGCATCATTTGATGAAGCTGCTCACAAGAAGCATGTCGAGGATGCAACATCGGCACAATGTAGTCTGTATGCTTCAGAAGCTCAGACTATGGAGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790484.1
MSNLSLKCLIETNKLTGSNFTDWLRCLRLVLRLEKIEYVLDNPITVIPDKQSAEYASFDEAAHKKHVEDATSAQCSLYASEAQTMEYEILRDLFKCKLHDGGQVSDHVLKMIGLIESLCLPHLKTSL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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