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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000163

染色体: Chr02 坐标: 2124161-2124677 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000163
名称SmilChr02G000163
描述60S ribosomal protein L14-2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向2124161 - 2124677 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012577
GeneID131012577
locus_tag-
NCBI NameLOC131012577
原始查询SmilChr02G000163

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述60S ribosomal protein L14-2-like
产物60S ribosomal protein L14-2-like
ArabidopsisAT4G27090 (AT4G27090)
Ribosomal protein L14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828817]
identity=83.6; qcov=1; evalue=3.68e-77; confidence=high
RiceOs04g0515300
-
identity=80.6; qcov=1; evalue=2.73e-77; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit); GO:0042273 (ribosomal large subunit biogenesis)
KEGGsmil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01929 (Ribosomal_L14e)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012577

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057796542.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057796542.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796542.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796542.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796542.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:2124206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr2:2124415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr2:2124429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr2:2124490 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B83,C36,C83,D2
Chr2:2124496 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:2124564 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A16,A5,B12,B31,B52,B55,B57,B67,B77,B91,C30,C41,C49,D11
Chr2:2124595 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796542.1
134 aa
N
1
67
134
Ribosomal_L14e
C
PF01929 Ribosomal_L14e 45-117 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796542.1 Pfam PF01929 Ribosomal_L14e Family 45 117 1.5e-23 83.8 Ribosomal protein L14

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940559.1
CATCACATCACACACATTCACTTCTCTGCAGCCGAAAATGTCGTTCAAGAGGTACGTCGAGATTGGGAGGGTGGCCCTCGTCAACTACGGAAAAGACTATGGCAAACTTGTCGTCATCGTTGATGTTATCGACCAGAGCAGGGCTCTTGTTGACTCACCTGACATGGTAAGAAGCCAGATGAATTTCAAGAAGCTTTCTCTTACAGACATCAAAATTGACATCAAGAGAGTGCCGAAGAAGAAGACTCGTGTTGCTGCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012577
ATGTCGTTCAAGAGGTACGTCGAGATTGGGAGGGTGGCCCTCGTCAACTACGGAAAAGACTATGGCAAACTTGTCGTCATCGTTGATGTTATCGACCAGAGCAGGGCTCTTGTTGACTCACCTGACATGGTAAGAAGCCAGATGAATTTCAAGAAGCTTTCTCTTACAGACATCAAAATTGACATCAAGAGAGTGCCGAAGAAGAAGACTCGTGTTGCTGCTATGGAGGCTGCTGATGTTAAGGGAAAATGGGAAAGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796542.1
MSFKRYVEIGRVALVNYGKDYGKLVVIVDVIDQSRALVDSPDMVRSQMNFKKLSLTDIKIDIKRVPKKKTRVAAMEAADVKGKWESNSWGRKLIVQKRRAALNDFDRFKLMLAKIKKAGVVRQELAKLKKETTA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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