当前解析结果
SmilChr02G000163| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000163 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000163 |
| 描述 | 60S ribosomal protein L14-2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 2124161 - 2124677 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012577 |
|---|---|
| GeneID | 131012577 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012577 |
| 原始查询 | SmilChr02G000163 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 60S ribosomal protein L14-2-like |
| 产物 | 60S ribosomal protein L14-2-like |
| Arabidopsis | AT4G27090 (AT4G27090)Ribosomal protein L14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828817] identity=83.6; qcov=1; evalue=3.68e-77; confidence=high |
| Rice | Os04g0515300- identity=80.6; qcov=1; evalue=2.73e-77; confidence=high |
| GO | GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit); GO:0042273 (ribosomal large subunit biogenesis) |
| KEGG | smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01929 (Ribosomal_L14e) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012577 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057796542.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057796542.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796542.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796542.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796542.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:2124206 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B137 |
Chr2:2124415 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr2:2124429 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B137 |
Chr2:2124490 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B83,C36,C83,D2 |
Chr2:2124496 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:2124564 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 14 | A16,A5,B12,B31,B52,B55,B57,B67,B77,B91,C30,C41,C49,D11 |
Chr2:2124595 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796542.1PF01929
Ribosomal_L14e 45-117 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796542.1 |
Pfam | PF01929 |
Ribosomal_L14e | Family | 45 | 117 | 1.5e-23 | 83.8 | Ribosomal protein L14 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。