当前解析结果
SmilChr02G000175| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000175 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000175 |
| 描述 | phenolic glucoside malonyltransferase 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 2225029 - 2226402 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131007598 |
|---|---|
| GeneID | 131007598 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007598 |
| 原始查询 | SmilChr02G000175 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | phenolic glucoside malonyltransferase 1-like |
| 产物 | phenolic glucoside malonyltransferase 1-like |
| Arabidopsis | AT5G39090 (AT5G39090)HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833901] identity=34.8; qcov=0.987; evalue=1.13e-75; confidence=low |
| Rice | Os07g0414000- identity=33.8; qcov=1.05; evalue=8.99e-57; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02458 (Transferase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007598 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057790486.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057790486.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790486.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790486.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790486.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:2225295 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B136,B91 |
Chr2:2225319 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A23,B122,B130 |
Chr2:2225334 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B94,C1 |
Chr2:2225343 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B79,C15 |
Chr2:2225413 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,C16 |
Chr2:2225425 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B10,B117,B135,B20,D2 |
Chr2:2225445 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:2225464 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C9 |
Chr2:2225472 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr2:2225490 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B54,C39,C43 |
Chr2:2225491 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B5,B54 |
Chr2:2225493 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,A24,B113 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790486.1PF02458
Transferase 9-447 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790486.1 |
Pfam | PF02458 |
Transferase | Family | 9 | 447 | 2.6e-46 | 158.9 | Transferase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。