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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000183

染色体: Chr02 坐标: 2321516-2326040 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000183
名称SmilChr02G000183
描述uncharacterized SmilChr02G000183
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向2321516 - 2326040 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007825
GeneID131007825
locus_tag-
NCBI NameLOC131007825
原始查询SmilChr02G000183

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007825

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790723.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057790723.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790723.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790723.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790723.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:2321559 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 6 B102,B129,B55,B57,B72,C13
Chr2:2321616 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 25 A2,A25,B11,B110,B136,B137,B140,B15,B2,B31,B38,B39,B60,B84,B85,B91,C11,C12,C26,C29,C30,C55,C59,C69,C84
Chr2:2321621 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,D8
Chr2:2321638 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B45,B88,C14,C72,C74
Chr2:2321639 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B51
Chr2:2321639 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B51
Chr2:2321670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B77,C36,D8
Chr2:2321691 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,D8
Chr2:2325038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr2:2325784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934740.1
ATGAATGGTACGAATGAGTTATTTCCTACCACTCGTGTCAGCCCTTGGCGCAACAAATGTCAGAATTGCGAGCACGCGGTGTTAATGTCTCCATTAGTACCGACTCTTGGCGCGACAGATCTCGAAACGAATGGTGCTATTGGGCGCATTGACGCCACCTATTCCTCTGGTTGCGCGACTAATCTTGGAACTGATGTTCTCTCTCTCTCTCTATCCTCACACTATCGATTCTCTCTCTCTCTCTATCCTCACACTACCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007825
ATGAATGGTACGAATGAGTTATTTCCTACCACTCGTGTCAGCCCTTGGCGCAACAAATGTCAGAATTGCGAGCACGCGGTGTTAATGTCTCCATTAGTACCGACTCTTGGCGCGACAGATCTCGAAACGAATGGTGCTATTGGGCGCATTGACGCCACCTATTCCTCTGGTTGCGCGACTAATCTTGGAACTGATGTTCTCTCTCTCTCTCTATCCTCACACTATCGATTCTCTCTCTCTCTCTATCCTCACACTACCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790723.1
MNGTNELFPTTRVSPWRNKCQNCEHAVLMSPLVPTLGATDLETNGAIGRIDATYSSGCATNLGTDVLSLSLSSHYRFSLSLYPHTTIGSLSLCSAEGGAASGAPPRRRLRSLSHCSSSLSLARFRPPLLPPRSAAAACSNLGENRRLRRLPHSSPPPSHLNLYLSRSLGRWTQAQQTPPPRCAAIAGPPPAPSSSRQIRRRRSTPRPPGAAAVRLRSTDLAFSRSSRSEFPLPLACPESPPTAAASPESRPGVAAGSSGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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