Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000189

染色体: Chr02 坐标: 2360969-2364496 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000189
名称SmilChr02G000189
描述malonyl-coenzyme:anthocyanin 5-O-glucoside-6'''-O-malonyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向2360969 - 2364496 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012592
GeneID131012592
locus_tag-
NCBI NameLOC131012592
原始查询SmilChr02G000189

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述malonyl-coenzyme:anthocyanin 5-O-glucoside-6'''-O-malonyltransferase-like
产物malonyl-coenzyme:anthocyanin 5-O-glucoside-6'''-O-malonyltransferase-like
ArabidopsisAT3G29635 (AT3G29635)
HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822634]
identity=33.6; qcov=0.976; evalue=1.66e-72; confidence=low
RiceOs02g0820400
-
identity=36.4; qcov=1.01; evalue=9.69e-74; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF02458 (Transferase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012592

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057796558.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057796558.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796558.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796558.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796558.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:2361075 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C8
Chr2:2361075 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C8
Chr2:2361144 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,C74,D8
Chr2:2361145 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B129,B55,B72
Chr2:2361181 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C27
Chr2:2361181 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C27
Chr2:2361304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B54,C53,C72,D10
Chr2:2361391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr2:2361398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr2:2361634 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B52
Chr2:2361634 G GTT 2bp_insertion CDS_variant 1 B52
Chr2:2361702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796558.1
458 aa
N
1
229
458
Transferase
C
PF02458 Transferase 12-447 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796558.1 Pfam PF02458 Transferase Family 12 447 2.8e-46 158.8 Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940575.1
TTAGAAAGATATTGATATTCAACAACCCCACTCACTACTCACTAGTATATAAATTAAAACCACCTCAACTCCCCACTTCCACCATTCCCCACCACCGCCATGGCCGACCACCCTCCCTCCGCCGCCGTGCTCGAGCGCTGCACCATCCAGCCGCCGCCGCACGCTGCGGAGCTAACCCTCCCCCTCGTCCACTTCGACATCAAATGGCTCCACTTCCACGCCGTCCACCGCCTCATCTTCTTCGACCTCCGCTGCTCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012592
ATGGCCGACCACCCTCCCTCCGCCGCCGTGCTCGAGCGCTGCACCATCCAGCCGCCGCCGCACGCTGCGGAGCTAACCCTCCCCCTCGTCCACTTCGACATCAAATGGCTCCACTTCCACGCCGTCCACCGCCTCATCTTCTTCGACCTCCGCTGCTCCAAATCCCATTTCCTCCAATCCATTCTTCCCCAATTCAAACAATCCCTAATCCAAACCCTATCCCACTTCCTCCCCCTCGCCGGAAAAATCGTCCGCCCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796558.1
MADHPPSAAVLERCTIQPPPHAAELTLPLVHFDIKWLHFHAVHRLIFFDLRCSKSHFLQSILPQFKQSLIQTLSHFLPLAGKIVRPLNSGRRPYSRFAAGDSVSLTVAESDLDFAELTGNHPRAADDFYACVPRLPPAERTSDNDVVLPVLALQMTLFPDHGVCLGFTNHHAIGDASSVVRFIKAWATVSKHGGDAKLIGENPQLLPSFDRAAVADPDGLDSYYWNLMKQSRAVESPPVSFPLNKHRATFVLTADDVQRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器