Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000193`

染色体: Chr02 坐标: 2412771-2413870 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000193`
名称	SmilChr02G000193
描述	uncharacterized SmilChr02G000193
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	2412771 - 2413870 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012599`
GeneID	`131012599`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012599`
原始查询	`SmilChr02G000193`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816101]; symbol=AT2G16040; hit=AT2G16040; species=arabidopsis; confidence=high
产物	hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816101]; symbol=AT2G16040; hit=AT2G16040; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G16040` (AT2G16040) hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816101] identity=49.4; qcov=0.899; evalue=2.51e-78; confidence=high
Rice	`-` -
GO	GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF05699 (Dimer_Tnp_hAT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012599

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796565.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796565.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796565.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796565.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057796565.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:2413051`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B93
`Chr2:2413059`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B15,B62
`Chr2:2413080`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B15,B62
`Chr2:2413095`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr2:2413097`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B22,B93,C23
`Chr2:2413164`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	B120,B40,B63,B72,C52,C6,C64,C66
`Chr2:2413208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B47,B51,C54
`Chr2:2413239`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	A18,B111,B58,C51
`Chr2:2413239`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	4	A18,B111,B58,C51
`Chr2:2413247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B6,C22,C8
`Chr2:2413247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B6,C22,C8
`Chr2:2413274`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	A13,B21,B47,B52,B59,B83,B95,B96,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796565.1

277 aa

138

277

Dimer_Tnp_hAT

PF05699 Dimer_Tnp_hAT 163-251 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796565.1`	Pfam	`PF05699`	Dimer_Tnp_hAT	Domain	163	251	9.9e-19	67.6	hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940582.1
CATTGTTTTCAAGTTCTACTAAAAGGTGGAAAGTTTTACTCGATAATATTGAAGGGTTGACTGTAAAATCTTTGTCAAATACACGTTGGGAAAGTCGTATTAATAGTGTTAAAGCAATTAGATTTCAATGTGTTGAACTGAGGGATGCTTTATTAAATTTATGTGATATTTGTGATGATGCAAAGTCAAAAAGTGAAGCTGAAAGTTTAGCTACATCAATTGAAAATTTTGAATTTCTACTTGGTATGGTTATTTGGTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012599
ATGGTTATTTGGTATGAAATCTTATCTGTTGTAAACATGGTGAGTAAAAAATTGCAATCAAAATCTATGTGCATTAACTCTGTCATGAATCAGTTAGAAGGTTTAATTGCATATTTTGAAAAATATAGAAATGATGGTTTTAATTCAAGTTTGGATATTGCTAAAAGCATTGCATCTAATATGAACATAGAGCCAATATTTCCAACAAAACGTCGTATTACTAGAAAAAAACAATTTGATGAAGGAGAAAATGTTGAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796565.1
MVIWYEILSVVNMVSKKLQSKSMCINSVMNQLEGLIAYFEKYRNDGFNSSLDIAKSIASNMNIEPIFPTKRRITRKKQFDEGENVEVSLSPEESFRIEYFVVIVDMAIGSLKSRFEQLKSFEHIFGFLFDSKVLKSLDNDELRNCCVNLNSALTHDNLSDVKLDDLFTELKILQVTLPNETISAIEILEFVKSADCYPNAAIAYRIMLTMPVTVASAERSFSKLKLLKTYLRSSMCQERLNGLAILCIEKEILDNIDLDD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器