Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000200`

染色体: Chr02 坐标: 2578649-2580478 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000200`
名称	SmilChr02G000200
描述	coumaroyl-CoA:anthocyanidin 3-O-glucoside-6''-O-coumaroyltransferase 2-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	2578649 - 2580478 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012593`
GeneID	`131012593`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012593`
原始查询	`SmilChr02G000200`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	coumaroyl-CoA:anthocyanidin 3-O-glucoside-6''-O-coumaroyltransferase 2-like
产物	coumaroyl-CoA:anthocyanidin 3-O-glucoside-6''-O-coumaroyltransferase 2-like
Arabidopsis	`AT1G03940` (AT1G03940) HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839366] identity=35.3; qcov=1.01; evalue=6.86e-84; confidence=medium
Rice	`Os07g0414000` - identity=35.2; qcov=1.04; evalue=8.64e-63; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02458 (Transferase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012593

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057796559.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057796559.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057796559.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796559.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796559.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:2579091`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr2:2579145`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr2:2579283`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr2:2579297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr2:2579354`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr2:2579362`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B37,B6,C63
`Chr2:2579379`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B55,B57,B72,C13
`Chr2:2579386`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B50,B66
`Chr2:2579404`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr2:2579433`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:2579462`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,C4
`Chr2:2579463`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796559.1

455 aa

228

455

Transferase

PF02458 Transferase 7-451 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796559.1`	Pfam	`PF02458`	Transferase	Family	7	451	5.1e-36	125.0	Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940576.1
AATATTATGAAGTGCTTATTTAACTATACAACAACTAGAACTATATTGTATCTCACCACTATCTCAGCCATTATTCTCCCACTCCCTCCATCCACCGACTAATGGCCTCCGCCGGCGCGGCCGTCACGGTGGTGGAGCGCTGCGCCGTCTCCCCGCCGCCGCGCTCCGTTCCGCCGGCGACTCTCCCGCTCACCTTCCTCGACATACCTTGGCTTTTCTTCTCCCCAACTCAGCCCATTTTCTTCTTCGCCTCAGCCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012593
ATGGCCTCCGCCGGCGCGGCCGTCACGGTGGTGGAGCGCTGCGCCGTCTCCCCGCCGCCGCGCTCCGTTCCGCCGGCGACTCTCCCGCTCACCTTCCTCGACATACCTTGGCTTTTCTTCTCCCCAACTCAGCCCATTTTCTTCTTCGCCTCAGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCAACTTCACCCAAACAGTCGTCCCAAAGCTCAAGCACTCTCTCTCTCTAGCCCTCCGCCACTTCTTCCCTCTCGCCGGAAAGTTAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796559.1
MASAGAAVTVVERCAVSPPPRSVPPATLPLTFLDIPWLFFSPTQPIFFFASAAAAAAANFTQTVVPKLKHSLSLALRHFFPLAGKLVIPAALSAEPHLEYNESDSVLLVVAAAADGCEFKNLAGNHRRDGRRFRRLVPEIGGGDGGKRPVLAVQITVFPEMGICIGFTLRNVAADWRTFNNFLKNWASLCKSGGDLLDAGRHVASHDRSVILDSGGLRSFFLTEFWKMAKNVKDVNFDDSEIVRATFVLGPKEMEQIKKW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器