Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000206`

染色体: Chr02 坐标: 2690661-2692657 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000206`
名称	SmilChr02G000206
描述	uncharacterized SmilChr02G000206
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	2690661 - 2692657 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012611`
GeneID	`131012611`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012611`
原始查询	`SmilChr02G000206`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G21280` (AT1G21280) Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724] identity=33.6; qcov=0.557; evalue=8.79e-40; confidence=low
Rice	`Os01g0909600` - identity=28.2; qcov=0.314; evalue=1.59e-09; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14244 (Retrotran_gag_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012611

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057796577.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057796577.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796577.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796577.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796577.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:2690939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C23,C73
`Chr2:2690950`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B121,B34,B64,D3
`Chr2:2690965`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C22,C24,C26,C85,D10
`Chr2:2691002`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr2:2691024`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B69,B71,C19,C79
`Chr2:2691035`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,B135,B66
`Chr2:2691037`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,C23
`Chr2:2691044`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C78
`Chr2:2691044`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C78
`Chr2:2691051`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B71,C19,C79
`Chr2:2691054`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B71,C19,C79
`Chr2:2691073`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796577.1

395 aa

198

395

Retrotran_gag_3

PF14244 Retrotran_gag_3 28-73 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796577.1`	Pfam	`PF14244`	Retrotran_gag_3	Domain	28	73	6.7e-18	64.9	Gag-polypeptide of LTR copia-type

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940594.1
TAGCTGCATCTAGATTAGTTATGCTGAGCTGGCACCATGCGCGGTGCGTGTGTGTATTTCCTTTCCGATTGTACCTAGTATATAAGTGTTAGTTGTGTGATGTAATCCCTTGATCAATATGAAACACACTTTACTTTTGCTGCAAGCTCTCTTTTCTGTCATGGTATCCAGAGCAAAAGCCTTCCGCTGAAATCTTCTTCTTCTTTTTCCGATGGCACCTCACACGCCTTCCCCATCCAAAAACAACCAATCACCTCCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012611
ATGGCACCTCACACGCCTTCCCCATCCAAAAACAACCAATCACCTCCTTACGAGGATCAATCTAGTCCGTATTTCTTACCCAGCAGTGATAATCCTGGAGTCCAGTTAGTCACACAGCAATTGAACGGTTCAAACTACATCACATGGAGTCGCTCGATGACGACGGCGCTTATGGCAAAGAACAAAGTTGCTTTTATCGACGGTTCGATTATACGACCTCATTCTACCGATCTGTTATTTTCTCAGTGGCTTCGTTGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796577.1
MAPHTPSPSKNNQSPPYEDQSSPYFLPSSDNPGVQLVTQQLNGSNYITWSRSMTTALMAKNKVAFIDGSIIRPHSTDLLFSQWLRCNSMVVSWLRNSVVPEISSSIMYIDDASLIWSDLKERFSQGNLARICQLKQQLLTLKQGSDDVSAYFTKLRILWDEYRDFQPSRWCVCDNCRCQSSRKWNEFQLQECSMQFLIGLNSSYSQIRSQIISTAPLPSLQRIFALVLQEERQRSIEQQSPVINYENQGSMINAASTASI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器