当前解析结果
SmilChr02G000219| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000219 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000219 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G000219 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 2853228 - 2855703 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012625 |
|---|---|
| GeneID | 131012625 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012625 |
| 原始查询 | SmilChr02G000219 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0343300; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os08g0343300; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT1G03280 (AT1G03280)Transcription factor TFIIE, alpha subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838581] identity=45.3; qcov=0.926; evalue=2.28e-17; confidence=low |
| Rice | Os08g0343300- identity=52; qcov=1; evalue=7.65e-26; confidence=medium |
| GO | GO:0001113 (transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter); GO:0005673 (transcription factor TFIIE complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012625 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057796595.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057796595.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057796595.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796595.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796595.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:2854470 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A6,B57,C13 |
Chr2:2854532 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,B92 |
Chr2:2854541 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,B74 |
Chr2:2854722 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 18 | A11,A25,B100,B102,B112,B40,B67,B72,B85,B9,B95,C13,C16,C29,C64,C66,C74,D3 |
Chr2:2855336 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C13 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。