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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000219

染色体: Chr02 坐标: 2853228-2855703 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000219
名称SmilChr02G000219
描述uncharacterized SmilChr02G000219
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向2853228 - 2855703 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012625
GeneID131012625
locus_tag-
NCBI NameLOC131012625
原始查询SmilChr02G000219

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0343300; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os08g0343300; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT1G03280 (AT1G03280)
Transcription factor TFIIE, alpha subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838581]
identity=45.3; qcov=0.926; evalue=2.28e-17; confidence=low
RiceOs08g0343300
-
identity=52; qcov=1; evalue=7.65e-26; confidence=medium
GOGO:0001113 (transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter); GO:0005673 (transcription factor TFIIE complex)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012625

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796595.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057796595.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057796595.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796595.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796595.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:2854470 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B57,C13
Chr2:2854532 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B92
Chr2:2854541 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B74
Chr2:2854722 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 18 A11,A25,B100,B102,B112,B40,B67,B72,B85,B9,B95,C13,C16,C29,C64,C66,C74,D3
Chr2:2855336 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940612.1
ATACAATGTTTTTGTTCGAGGTCTTCTCAAAATGAACAAGATGGTTGATGCAATGCCAGTGTTGGAAGAGATGGATTCAAGGGGATTCACACTTGACTTGACAAAACTGCATATTCGATGTTGATTGAAGCTGTGAAATGGGAAGCTCTAGTTTAAATCGTTGCTCTTCTCAACAAATCAATGGCGGCAGCTTATGCAGCTATAGTTTCTTACAAAAGTTTTGCCTGTGAAAGTTTTGCCTCCATGGATGATCAAGCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012625
ATGATCAAGCAAGGAATGAATCTTACACAAGAGCAACGTGGAGAGACCAATCAAGAGGCGAAGATGGGTGGTAGTTCAGTAGCTTTGGAGATTATCGATGACAAGAAGTCTGCAGCTTTCGATGAGGACAAAAAGAATATACAGGATGAATATGCCAGAGCGTATTATGCTGCTTTACTTAAGCTCCATCATGAAAAAGAAGAAAAAATCAAGAAAGAAGCAGAATCACCTAATGATGTCATCATCACTGAAGTCTTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796595.1
MIKQGMNLTQEQRGETNQEAKMGGSSVALEIIDDKKSAAFDEDKKNIQDEYARAYYAALLKLHHEKEEKIKKEAESPNDVIITEVFNAPSERQVGMKSKREDELEGDDIEWEEGPSTGNTSDQFKVHDLNVEAKATQDDEDENDWEDG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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