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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000222

染色体: Chr02 坐标: 2882983-2883417 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000222
名称SmilChr02G000222
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62680, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向2882983 - 2883417 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007833
GeneID131007833
locus_tag-
NCBI NameLOC131007833
原始查询SmilChr02G000222

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62680, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62680%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G63630 (AT1G63630)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842667]
identity=41.9; qcov=0.812; evalue=5.67e-32; confidence=medium
RiceOs04g0477200
-
identity=45.6; qcov=0.792; evalue=9.69e-30; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007833

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057790732.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057790732.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057790732.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790732.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790732.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:2883078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr2:2883088 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr2:2883234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B5,C83
Chr2:2883237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B5,C83
Chr2:2883251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr2:2883264 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr2:2883272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr2:2883298 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 10 B112,B22,B36,B37,B60,C20,C56,C58,C7,D6
Chr2:2883349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C66
Chr2:2883352 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C8
Chr2:2883356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790732.1
144 aa
N
1
72
144
PPR_3
PPR_long
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF13812 PPR_3 1-56 aa PF17177 PPR_long 1-109 aa PF12854 PPR_1 5-37 aa PF13041 PPR_2 8-57 aa PF01535 PPR 11-41 aa PF12854 PPR_1 39-68 aa PF13041 PPR_2 43-92 aa PF01535 PPR 47-76 aa PF13812 PPR_3 66-121 aa PF12854 PPR_1 74-107 aa PF13041 PPR_2 79-122 aa PF01535 PPR 82-111 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790732.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 1 56 3.9e-20 72.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057790732.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 1 109 2.2e-10 41.0 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057790732.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 5 37 9e-40 134.8 PPR repeat
XP_057790732.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 8 57 1e-52 176.7 PPR repeat family
XP_057790732.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 11 41 2.3e-27 94.0 PPR repeat
XP_057790732.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 39 68 9e-40 134.8 PPR repeat
XP_057790732.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 43 92 1e-52 176.7 PPR repeat family
XP_057790732.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 47 76 2.3e-27 94.0 PPR repeat
XP_057790732.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 66 121 3.9e-20 72.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057790732.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 74 107 9e-40 134.8 PPR repeat
XP_057790732.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 79 122 1e-52 176.7 PPR repeat family
XP_057790732.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 82 111 2.3e-27 94.0 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934749.1
ATGATGCAACAAAATATTTGTCCGGATGTCTTCACTTATTCTTCGCTTATTGAAGGGCTCTGCTTGAAGGGTGAAATCGAAATAGCGAAACAATTACTTGATTCCATGGTAGAGAGGGGCCTTAAACCCAATATTGTTAACTATAGCACCTTGCTAAATGGATATTGTAAGAAGGGAAGCGTGGATGAAGCTTGGCGTATTTTTCTTGAAATTTCCGGTAAAGGTCTCGAGCATAATGTGCAAACTTATAGTACATTATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007833
ATGATGCAACAAAATATTTGTCCGGATGTCTTCACTTATTCTTCGCTTATTGAAGGGCTCTGCTTGAAGGGTGAAATCGAAATAGCGAAACAATTACTTGATTCCATGGTAGAGAGGGGCCTTAAACCCAATATTGTTAACTATAGCACCTTGCTAAATGGATATTGTAAGAAGGGAAGCGTGGATGAAGCTTGGCGTATTTTTCTTGAAATTTCCGGTAAAGGTCTCGAGCATAATGTGCAAACTTATAGTACATTATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790732.1
MMQQNICPDVFTYSSLIEGLCLKGEIEIAKQLLDSMVERGLKPNIVNYSTLLNGYCKKGSVDEAWRIFLEISGKGLEHNVQTYSTLLDGLLKRGMVDEALLLLSEMVEKGISPDVVTCSILSNLQFLAKDGHSCKLQEKKLKLS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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