当前解析结果
SmilChr02G000230| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000230 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000230 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G000230 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 2981043 - 2982776 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131007835 |
|---|---|
| GeneID | 131007835 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007835 |
| 原始查询 | SmilChr02G000230 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0566300; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os02g0566300; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | AT3G29750 (AT3G29750)Eukaryotic aspartyl protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822661] identity=30.8; qcov=0.208; evalue=2.5e-10; confidence=weak |
| Rice | Os02g0566300- identity=23.1; qcov=0.764; evalue=2.33e-26; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007835 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057790733.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057790733.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790733.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790733.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057790733.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790733.1PF03732
PEG10_N-capsid 79-150 aa
PF13650
Asp_protease_2 378-463 aa
PF13975
gag-asp_proteas 378-465 aa
PF08284
RVP_2 379-467 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 386-483 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790733.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 79 | 150 | 2.7e-10 | 41.2 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
XP_057790733.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 378 | 463 | 6.2e-08 | 34.0 | Aspartyl protease |
XP_057790733.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 378 | 465 | 1.9e-08 | 35.5 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057790733.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 379 | 467 | 1.8e-12 | 47.9 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057790733.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 386 | 483 | 5.5e-11 | 43.6 | PEG10/RTL1 protease domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。