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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000230

染色体: Chr02 坐标: 2981043-2982776 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000230
名称SmilChr02G000230
描述uncharacterized SmilChr02G000230
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向2981043 - 2982776 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007835
GeneID131007835
locus_tag-
NCBI NameLOC131007835
原始查询SmilChr02G000230

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0566300; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os02g0566300; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT3G29750 (AT3G29750)
Eukaryotic aspartyl protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822661]
identity=30.8; qcov=0.208; evalue=2.5e-10; confidence=weak
RiceOs02g0566300
-
identity=23.1; qcov=0.764; evalue=2.33e-26; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007835

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790733.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790733.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790733.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790733.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790733.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790733.1
577 aa
N
1
288
577
PEG10_N-capsid
Asp_protease_2
gag-asp_proteas
RVP_2
PRO_PEG10-RTL1
C
PF03732 PEG10_N-capsid 79-150 aa PF13650 Asp_protease_2 378-463 aa PF13975 gag-asp_proteas 378-465 aa PF08284 RVP_2 379-467 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 386-483 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790733.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 79 150 2.7e-10 41.2 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
XP_057790733.1 Pfam PF13650 Asp_protease_2 Domain 378 463 6.2e-08 34.0 Aspartyl protease
XP_057790733.1 Pfam PF13975 gag-asp_proteas Domain 378 465 1.9e-08 35.5 gag-polyprotein putative aspartyl protease
XP_057790733.1 Pfam PF08284 RVP_2 Domain 379 467 1.8e-12 47.9 Retroviral aspartyl protease
XP_057790733.1 Pfam PF30863 PRO_PEG10-RTL1 Domain 386 483 5.5e-11 43.6 PEG10/RTL1 protease domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934750.1
ATGGTGGCTACGACGCGCAGCACCGAGGATCGCCTGGGGCAGTTAGAGAAGGTGGTTGGCGAATTGCAGACGTCGCTCGTGACCCTCACGGCCACGGTGGACTCCAACCGTTCCACCATCGAATCTCAGTTAGCCGCCATATTGGCTGCTGTCTCCCACCACGACAAGCCGCCCGTTCTTCCACACCATACGCCTGATCCTACGGGTACCCCGCCGATTTCTCTTCCGCTTCAACGAATGGACCTGCCGGTTTTTGATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007835
ATGGTGGCTACGACGCGCAGCACCGAGGATCGCCTGGGGCAGTTAGAGAAGGTGGTTGGCGAATTGCAGACGTCGCTCGTGACCCTCACGGCCACGGTGGACTCCAACCGTTCCACCATCGAATCTCAGTTAGCCGCCATATTGGCTGCTGTCTCCCACCACGACAAGCCGCCCGTTCTTCCACACCATACGCCTGATCCTACGGGTACCCCGCCGATTTCTCTTCCGCTTCAACGAATGGACCTGCCGGTTTTTGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790733.1
MVATTRSTEDRLGQLEKVVGELQTSLVTLTATVDSNRSTIESQLAAILAAVSHHDKPPVLPHHTPDPTGTPPISLPLQRMDLPVFDGLEPRGWIARANQYFLVHQIADNQKLQIAIIAMSGAALSWLHLFLRRTPNPAWPDFTRALLERFGDASTFNTYEALFLFRQTGSLEEHIAAFEGRAAQLPIPLSDDQMLGYFLGGLKSSVRDRIQDTALTNYDSAVRAARRAERPSTVPGSFSRAVTLPVQTSRPVYPPRTTVT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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