Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000248`

染色体: Chr02 坐标: 3204946-3208282 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000248`
名称	SmilChr02G000248
描述	uncharacterized SmilChr02G000248
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	3204946 - 3208282 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012652`
GeneID	`131012652`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012652`
原始查询	`SmilChr02G000248`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]; symbol=AT1G05270; hit=AT1G05270; species=arabidopsis; confidence=high
产物	TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027]; symbol=AT1G05270; hit=AT1G05270; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G05270` (AT1G05270) TraB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837027] identity=69.1; qcov=0.731; evalue=9.62e-155; confidence=high
Rice	`Os05g0499500` - identity=68.5; qcov=0.749; evalue=4.86e-147; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01963 (TraB_PrgY_gumN)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012652

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057796620.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057796620.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796620.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796620.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796620.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:3205474`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C49
`Chr2:3205474`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C49
`Chr2:3205864`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C2,C32,C48,C68
`Chr2:3206544`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr2:3207208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,B97
`Chr2:3207972`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr2:3208021`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A1
`Chr2:3208021`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A1
`Chr2:3208076`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C67
`Chr2:3208088`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr2:3208119`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796620.1

390 aa

195

390

TraB_PrgY_gumN

PF01963 TraB_PrgY_gumN 129-345 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796620.1`	Pfam	`PF01963`	TraB_PrgY_gumN	Family	129	345	1.8e-26	94.3	TraB/PrgY/gumN family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940637.1
GAGTTAGAAATGCGCACAATTTATCCCCAAATTGAAAGTAGCTGCCACTTATGTACGGAATAAACCGACTCATTTCTCTAAGTCATCTGCTCGCCGTCGCCACCGCAACCGCCACCGCCACCGCCACCTCCGCCGGCCCCTATTCGAAACGGTCGCTCCGCCTCAGTCCACAGTTCAGATCTATTGCCATCAAGCACTCCTCCCGCCGCCGCACAATGGACCCTCCGTCTCCCGCCGCGACCGCCGGGATCGATGATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012652
ATGTACGGAATAAACCGACTCATTTCTCTAAGTCATCTGCTCGCCGTCGCCACCGCAACCGCCACCGCCACCGCCACCTCCGCCGGCCCCTATTCGAAACGGTCGCTCCGCCTCAGTCCACAGTTCAGATCTATTGCCATCAAGCACTCCTCCCGCCGCCGCACAATGGACCCTCCGTCTCCCGCCGCGACCGCCGGGATCGATGATTTTGTGAACGTCGGAGAGGATGGTACGATCCTCGGCGAAGACGACGAGGCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796620.1
MYGINRLISLSHLLAVATATATATATSAGPYSKRSLRLSPQFRSIAIKHSSRRRTMDPPSPAATAGIDDFVNVGEDGTILGEDDEALPANDSSISDSYSSYERRVLPPELSRSVAMLTCESAADGGVCDVYLVGTAHVSTESCQEVQAVIEFLKPQVVFLELCSSRVAILTPQNLKVPTMGEMVDMWKKKQNLFGILYSWFLAKVASKLEVLPGAEFQVAYEEAMKYGGRVILGDRPVQITLRRTWAKMPLWHKTKLLYA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器