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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000258

染色体: Chr02 坐标: 3303099-3307437 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000258
名称SmilChr02G000258
描述putative zinc finger protein CONSTANS-LIKE 11
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向3303099 - 3307437 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012660
GeneID131012660
locus_tag-
NCBI NameLOC131012660
原始查询SmilChr02G000258

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative zinc finger protein CONSTANS-LIKE 11
产物putative zinc finger protein CONSTANS-LIKE 11
ArabidopsisAT3G21880 (BBX10)
B-box type zinc finger protein with CCT domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821743]
identity=35; qcov=1.02; evalue=3.2e-66; confidence=low
RiceOs02g0724000 (DTH2)
-
identity=36.8; qcov=1.06; evalue=4.24e-55; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF06203 (CCT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012660

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796630.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796630.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796630.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796630.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057796630.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:3303425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B45,D10
Chr2:3303445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr2:3303455 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C54,C67,C73,C82
Chr2:3303542 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr2:3303605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr2:3303814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr2:3304538 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr2:3304600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:3304625 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B140,C16,C78
Chr2:3305911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B88,C53
Chr2:3305920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796630.1
405 aa
N
1
202
405
CCT
C
PF06203 CCT 347-389 aa
XP_057796631.1
396 aa
N
1
198
396
CCT
C
PF06203 CCT 351-380 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796630.1 Pfam PF06203 CCT Motif 347 389 2.9e-17 63.1 CCT motif
XP_057796631.1 Pfam PF06203 CCT Motif 351 380 2.4e-10 41.0 CCT motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940647.1
TCCCCCAATAATTATTAACTGCGGTAAATGGATCATCGCTTCTTCCTTTTCCTTGAGAAGAAAAATGGATCATCGCTTCTTAGACGTCGGCTGATTACCATTTGTCACTCAACATTTTTTTTATAATTTTTTTCCTTCTAATAAAATACTACAACTTTGTATATATCTAGCTTCTACTCACTATTCGATTCCCGTAGTTGATGATGAAAAATTCGACATTTTTGTGATAGATATATATAATTAATATTAATATTAATTAA...
XM_057940648.1
TCCCCCAATAATTATTAACTGCGGTAAATGGATCATCGCTTCTTCCTTTTCCTTGAGAAGAAAAATGGATCATCGCTTCTTAGACGTCGGCTGATTACCATTTGTCACTCAACATTTTTTTTATAATTTTTTTCCTTCTAATAAAATACTACAACTTTGTATATATCTAGCTTCTACTCACTATTCGATTCCCGTAGTTGATGATGAAAAATTCGACATTTTTGTGATAGATATATATAATTAATATTAATATTAATTAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131012660
ATGGGTGAGCCGGTGTGCGAGATTTGTAGGGTGGTGAGGGCGGTGGTGTACTGCAAGTCCGACGGCGCGCCGCTGTGCCTGAAGTGCGACGGCTGCGTGCACGCCGCCAACGCCCTCTCGCGCCGCCACCTCCGCTCGCTAATCTGCGACCGCTGCTTCTCGGAGGCGGCGGTGGTCCGCTGCCTCGACGAGAAGCTCTCCCTCTGCGAGGGCTGCGACAACGGCTGCTTCCCGGCGGCGGACCACCGCCGCGCCAAGCT...
LOC131012660
ATGGGTGAGCCGGTGTGCGAGATTTGTAGGGTGGTGAGGGCGGTGGTGTACTGCAAGTCCGACGGCGCGCCGCTGTGCCTGAAGTGCGACGGCTGCGTGCACGCCGCCAACGCCCTCTCGCGCCGCCACCTCCGCTCGCTAATCTGCGACCGCTGCTTCTCGGAGGCGGCGGTGGTCCGCTGCCTCGACGAGAAGCTCTCCCTCTGCGAGGGCTGCGACAACGGCTGCTTCCCGGCGGCGGACCACCGCCGCGCCAAGCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057796630.1
MGEPVCEICRVVRAVVYCKSDGAPLCLKCDGCVHAANALSRRHLRSLICDRCFSEAAVVRCLDEKLSLCEGCDNGCFPAADHRRAKLSFYGGCPSVAELSKVWPFALDAGEFGGTEANEIPPFLKFAQWPPPPPAAAAAATAALTCELQAKFSFLYGRASSFSGDLIPYLPQESSLETNCGESIKDLGINQESEDICSVDIDGMPLSFDSSYEIFENLPNNQPRFHCDDGGLTALLMENNATSAAESNITHIESVIEAST...
XP_057796631.1
MGEPVCEICRVVRAVVYCKSDGAPLCLKCDGCVHAANALSRRHLRSLICDRCFSEAAVVRCLDEKLSLCEGCDNGCFPAADHRRAKLSFYGGCPSVAELSKVWPFALDAGEFGGTEANEIPPFLKFAQWPPPPPAAAAAATAALTCELQAKFSFLYGRASSFSGDLIPYLPQESSLETNCGESIKDLGINQESEDICSVDIDGMPLSFDSSYEIFENLPNNQPRFHCDDGGLTALLMENNATSAAESNITHIESVIEAST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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