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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000267

染色体: Chr02 坐标: 3469154-3470115 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000267
名称SmilChr02G000267
描述proline-rich receptor-like protein kinase PERK10
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向3469154 - 3470115 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007845
GeneID131007845
locus_tag-
NCBI NameLOC131007845
原始查询SmilChr02G000267

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述proline-rich receptor-like protein kinase PERK10
产物proline-rich receptor-like protein kinase PERK10
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007845

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790742.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057790742.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790742.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790742.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790742.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:3469186 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:3469270 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,B71
Chr2:3469296 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B36,B63,B81,C76
Chr2:3469315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C41,D9
Chr2:3469331 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B80,B90,C23
Chr2:3469468 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B16
Chr2:3469468 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B16
Chr2:3469482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:3469489 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 28 A8,B110,B122,B128,B138,B15,B29,B38,B39,B4,B45,B49,B62,B72,B79,B84,B9,B91,B97,B99,C19,C30,C31,C40,C42,C64,C66,C72
Chr2:3469501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,D11
Chr2:3469529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr2:3469572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B3,B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934759.1
ATGTTCGGCACTGACGACGAGGATGACTCCGGCGATCCTAAATCTCCAGATTTCATGGTTGGAGTTGAAGCTACGGTGGAGGATTTCTCAAGTCCTTCACCATTCCCAACCACTCACAGCCCCTCTCCGATTTTCTCGCCGTCGGCACCCTCCGCCACCACCGTTACTCCAACAGATCGGCCCTTTACTGATGTTCCTTCTCCAACCGCCGCCACCGCCGCCGTCAACACCTCCACCGCCAATACCACCTCCTCCCACCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007845
ATGTTCGGCACTGACGACGAGGATGACTCCGGCGATCCTAAATCTCCAGATTTCATGGTTGGAGTTGAAGCTACGGTGGAGGATTTCTCAAGTCCTTCACCATTCCCAACCACTCACAGCCCCTCTCCGATTTTCTCGCCGTCGGCACCCTCCGCCACCACCGTTACTCCAACAGATCGGCCCTTTACTGATGTTCCTTCTCCAACCGCCGCCACCGCCGCCGTCAACACCTCCACCGCCAATACCACCTCCTCCCACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790742.1
MFGTDDEDDSGDPKSPDFMVGVEATVEDFSSPSPFPTTHSPSPIFSPSAPSATTVTPTDRPFTDVPSPTAATAAVNTSTANTTSSHRATPNVPSSPATPPPSPPPPPQPPPPITPSGNPPPTPTPPSQSPPYPTHRCRNKKILLLGYGDDDLDPPGNPVPVSGNQIIEGETPPSPFPLISIYLRRARVCRDSLRPLVEIHSWPRSKNEEPNPSIIFGPNMSGPIALIEAAHDPSAQARHSSFLRDYEIGVLPRPQGLSLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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