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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000269

染色体: Chr02 坐标: 3475904-3479548 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000269
名称SmilChr02G000269
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向3475904 - 3479548 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007847
GeneID131007847
locus_tag-
NCBI NameLOC131007847
原始查询SmilChr02G000269

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=37.6; qcov=0.874; evalue=4.09e-180; confidence=medium
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF12799 (LRR_4); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007847

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790744.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790744.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790744.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790744.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790744.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:3475906 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 10 A21,B110,B113,B31,B34,B41,C4,C46,D3,D4
Chr2:3475912 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 4 A21,B110,B34,D4
Chr2:3475912 A ATG 2bp_insertion CDS_variant 4 A21,B110,B34,D4
Chr2:3475920 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 14 B123,B130,B15,B21,B46,B52,B65,B78,B89,C11,C53,C61,C69,D8
Chr2:3475934 C CAG 2bp_insertion frameshift_variant 3 B110,B34,D4
Chr2:3475934 C CAG 2bp_insertion CDS_variant 3 B110,B34,D4
Chr2:3475935 T TGG 2bp_insertion frameshift_variant 3 B110,B34,D4
Chr2:3475935 T TGG 2bp_insertion CDS_variant 3 B110,B34,D4
Chr2:3476000 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 23 A14,B110,B111,B120,B21,B3,B41,B47,B52,B61,B63,B64,B73,B97,B99,C1,C14,C52,C74,C84,C87,C9,D1
Chr2:3476027 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 3 B123,B21,B52
Chr2:3476027 A ATG 2bp_insertion CDS_variant 3 B123,B21,B52
Chr2:3476041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B117

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790744.1
1073 aa
N
1
536
1073
LRR_4
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF12799 LRR_4 63-100 aa PF00560 LRR_1 64-86 aa PF00560 LRR_1 88-110 aa PF13855 LRR_8 112-172 aa PF13855 LRR_8 136-195 aa PF00560 LRR_1 161-183 aa PF00560 LRR_1 185-207 aa PF00560 LRR_1 283-304 aa PF13855 LRR_8 283-341 aa PF00560 LRR_1 481-503 aa PF00560 LRR_1 529-550 aa PF13855 LRR_8 529-588 aa PF00560 LRR_1 553-575 aa PF00560 LRR_1 578-599 aa PF00560 LRR_1 625-647 aa PF00560 LRR_1 649-670 aa PF00069 Pkinase 793-1061 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 795-1064 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790744.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 63 100 1.3e-29 102.2 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057790744.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 64 86 1.2e-53 168.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790744.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 88 110 1.2e-53 168.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790744.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 112 172 4.1e-48 161.7 Leucine rich repeat
XP_057790744.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 136 195 4.1e-48 161.7 Leucine rich repeat
XP_057790744.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 161 183 1.2e-53 168.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790744.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 185 207 1.2e-53 168.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790744.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 283 304 1.2e-53 168.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790744.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 283 341 4.1e-48 161.7 Leucine rich repeat
XP_057790744.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 481 503 1.2e-53 168.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790744.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 529 550 1.2e-53 168.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790744.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 529 588 4.1e-48 161.7 Leucine rich repeat
XP_057790744.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 553 575 1.2e-53 168.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790744.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 578 599 1.2e-53 168.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790744.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 625 647 1.2e-53 168.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790744.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 649 670 1.2e-53 168.2 Leucine Rich Repeat
XP_057790744.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 793 1061 2.3e-39 136.1 Protein kinase domain
XP_057790744.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 795 1064 3.3e-39 135.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934761.1
ATGGCTCTATCCGGCACCATTCCACCACAGCTCGGACACCTCTCCTTCCTCGTCTCCCTCGACCTCACCAGCAACCTTTTCTATGGAGATTTGCCACAGGAACTGTCTCTCCTTCGCCGTTTGAAGTTCATATCTTTCGATCTCAACAATTTCACTGGATACATCTCTCCGATGTTGGGTCTGTTACCAAAATTAGAGTACTTGTCTTTAAGCAACAACAGCTCCATAGGTTCCATCCCAAAATCACTCTCAAACCTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007847
ATGGCTCTATCCGGCACCATTCCACCACAGCTCGGACACCTCTCCTTCCTCGTCTCCCTCGACCTCACCAGCAACCTTTTCTATGGAGATTTGCCACAGGAACTGTCTCTCCTTCGCCGTTTGAAGTTCATATCTTTCGATCTCAACAATTTCACTGGATACATCTCTCCGATGTTGGGTCTGTTACCAAAATTAGAGTACTTGTCTTTAAGCAACAACAGCTCCATAGGTTCCATCCCAAAATCACTCTCAAACCTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790744.1
MALSGTIPPQLGHLSFLVSLDLTSNLFYGDLPQELSLLRRLKFISFDLNNFTGYISPMLGLLPKLEYLSLSNNSSIGSIPKSLSNLTNLQFLDLSSNSLSGEIPKEFGRLQSLQILAVQFNRLSGAIPSAIFNISTLVVIALTGNELSGSLPTDMSSNLPSLTGIYLSYNQLSGTIPTNLSQCSRLEVLSLSYNSFSGEIPSEIGYLTSLQDIALGGNNLNGILPHEIGHLQSLVTFGAERNEIAGSIDFNIFMNMSSLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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