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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000278

染色体: Chr02 坐标: 3555896-3557771 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000278
名称SmilChr02G000278
描述replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit B-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向3555896 - 3557771 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007849
GeneID131007849
locus_tag-
NCBI NameLOC131007849
原始查询SmilChr02G000278

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit B-like
产物replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit B-like
ArabidopsisAT5G08020 (RPA70B)
RPA70-kDa subunit B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830696]
identity=19.7; qcov=0.734; evalue=2.77e-08; confidence=weak
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007849

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790745.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057790745.1
3 Telomere 端粒 1.00000 XP_057790745.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790745.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790745.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:3555924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,C39
Chr2:3555925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,C39
Chr2:3555949 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B89
Chr2:3555970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,B64,C37,C54
Chr2:3555984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,B64,C37,C54
Chr2:3556144 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,B64,C37,C54
Chr2:3556237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B40,C58,D2
Chr2:3556330 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B131,B67,D8
Chr2:3556330 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B67,D8
Chr2:3556385 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 24 A10,B105,B107,B131,B20,B33,B36,B40,B41,B47,B52,B54,B72,B74,B83,C18,C26,C3,C30,C42,C54,C56,C78,C84
Chr2:3556399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr2:3556402 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934762.1
TAGGTTCAAACATGTGCTTCAAGAGGGTAATGTTTACATGGTGAAAGGAGCTTATGTTTCTGATCCAAAGCAATACAGGAATCCAATTGTGACATGTAATTACCAATGGACGTTCAGAAAAGATACTTCGGTGAAGGAAGAACCAAATGATTCTATACCTGCTGGGGGACTAAGTTTTAGAACAACTCCAAGTTGCGAGTTCCACAAATTCCTCTCAACAAAGACATTGATCAATACTGCTTGTGTCATTATTGCTACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007849
ATGGTGAAAGGAGCTTATGTTTCTGATCCAAAGCAATACAGGAATCCAATTGTGACATGTAATTACCAATGGACGTTCAGAAAAGATACTTCGGTGAAGGAAGAACCAAATGATTCTATACCTGCTGGGGGACTAAGTTTTAGAACAACTCCAAGTTGCGAGTTCCACAAATTCCTCTCAACAAAGACATTGATCAATACTGCTTGTGTCATTATTGCTACCCATGAACCTCGGGTAGTCACAGTCAAAGGACAGGGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790745.1
MVKGAYVSDPKQYRNPIVTCNYQWTFRKDTSVKEEPNDSIPAGGLSFRTTPSCEFHKFLSTKTLINTACVIIATHEPRVVTVKGQGKVIREYAAIDTELESFVVTFWEDSVSDEIYAKLEPISNRIPLLLLNFSVVPYYGLSLTTNAQSIVLDGFENEMLIELERWKQENEEAINILIQTGGFFEKKVLRSPKQPLQITKVEQMLQNQENTYFNVKVKARLENEYQDYFYIGCPICSTKTVASYGTEFMCYATPCKNMRI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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