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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000279`

染色体: Chr02 坐标: 3563736-3565268 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000279`
名称	SmilChr02G000279
描述	uncharacterized SmilChr02G000279
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	3563736 - 3565268 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007850`
GeneID	`131007850`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007850`
原始查询	`SmilChr02G000279`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G28780` (AT5G28780) PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832993] identity=38.4; qcov=0.531; evalue=6.02e-48; confidence=medium
Rice	`Os04g0357300` - identity=48.2; qcov=0.761; evalue=3.31e-127; confidence=high
GO	GO:0000723 (telomere maintenance); GO:0003678 (DNA helicase activity); GO:0006281 (DNA repair)
KEGG	-
Pfam	PF05970 (PIF1); PF13604 (AAA_30); PF21530 (Pif1_2B_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007850

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790746.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057790746.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790746.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790746.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790746.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:3564968`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B119,B21,C2
`Chr2:3564968`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B119,B21,C2
`Chr2:3564973`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B110,B140
`Chr2:3565046`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B69,C35,C58,D11
`Chr2:3565048`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B37,B85,C53
`Chr2:3565067`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr2:3565079`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B140,B26,C29,C78
`Chr2:3565138`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:3565144`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C39,C9
`Chr2:3565147`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:3565162`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr2:3565186`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B107,B54,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790746.1

510 aa

255

510

PIF1

AAA_30

Pif1_2B_dom

PF05970 PIF1 46-248 aa PF13604 AAA_30 70-197 aa PF21530 Pif1_2B_dom 343-388 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790746.1`	Pfam	`PF05970`	PIF1	Family	46	248	5.5e-66	223.1	PIF1-like helicase
`XP_057790746.1`	Pfam	`PF13604`	AAA_30	Domain	70	197	3.2e-06	27.8	AAA domain
`XP_057790746.1`	Pfam	`PF21530`	Pif1_2B_dom	Domain	343	388	1e-17	64.3	DNA helicase Pif1, 2B domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934763.1
ATGGGTCATGGGATCGATGAGTACTCTGTGGTCGATTATATAGTTGGGTTGACTCGTGAAGAGATAAATAGTCGTGAATTTGCAGCTGAAATTAATATGCCAGTTGCAGAATCTGATTTAGCTTCGGTGGGTCGTTTTAATGAAAGACAACGCTTTGCTTATCTTGAGATAATGTCCAGTCTTGCTTCACCAATTGGCTCAGGCTTTTTCATTGATGGTCCTGGTGGAACTGGAAAGACATTTTTATATAAGGCAATCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007850
ATGGGTCATGGGATCGATGAGTACTCTGTGGTCGATTATATAGTTGGGTTGACTCGTGAAGAGATAAATAGTCGTGAATTTGCAGCTGAAATTAATATGCCAGTTGCAGAATCTGATTTAGCTTCGGTGGGTCGTTTTAATGAAAGACAACGCTTTGCTTATCTTGAGATAATGTCCAGTCTTGCTTCACCAATTGGCTCAGGCTTTTTCATTGATGGTCCTGGTGGAACTGGAAAGACATTTTTATATAAGGCAATCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790746.1
MGHGIDEYSVVDYIVGLTREEINSREFAAEINMPVAESDLASVGRFNERQRFAYLEIMSSLASPIGSGFFIDGPGGTGKTFLYKAILATVRSTGDIALAVASSGVAASLLPNGRTAHSRFKIPLNLDESMSCSISKNTAPAKLIIAAKLILWDEASMANRKAVEALNLLLQDLMENQLLFGGKTVVLGGDFRQTLPIVRRGSREEIVDACLVFSSIWLLIRKIHLTQNMRAMEDPVFTDLLLRVGEGIEPNVHDDYVNLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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