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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000283

染色体: Chr02 坐标: 3621862-3626647 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000283
名称SmilChr02G000283
描述septum-promoting GTP-binding protein 1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向3621862 - 3626647 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012681
GeneID131012681
locus_tag-
NCBI NameLOC131012681
原始查询SmilChr02G000283

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述septum-promoting GTP-binding protein 1-like
产物septum-promoting GTP-binding protein 1-like
ArabidopsisAT3G21700 (SGP2)
Ras-related small GTP-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821724]
identity=59.7; qcov=0.975; evalue=2.55e-100; confidence=high
RiceOs07g0522900
-
identity=62.6; qcov=0.611; evalue=2.68e-76; confidence=high
GOGO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding)
KEGG-
PfamPF00071 (Ras); PF08477 (Roc)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012681

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057796656.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796656.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796656.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796656.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796656.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:3622318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B42,B43,C38
Chr2:3626134 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796656.1
280 aa
N
1
140
280
Roc
Ras
C
PF08477 Roc 97-210 aa PF00071 Ras 97-260 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796656.1 Pfam PF08477 Roc Domain 97 210 5.3e-18 66.1 Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase
XP_057796656.1 Pfam PF00071 Ras Domain 97 260 1.3e-21 77.6 Ras family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940673.1
GGAGTACGTATTATAAAGAAATAAAATAAAAATAGTCATAAGTGGAAGTAACTAGTTTGTATAATTATACCCCCAAAATCGGTCAACCAGTGTTCCTAATGAGACGCCCACCACTTACCCTTCACCCATCAAAATATGCATCAAAACACACCAAAGAGATAACCTTCCCCACAAAAAAACACCCACACATCTCCCACTACTAAAGGGAGAGAAAAACACGCACACACACACCTAGAGAGAGAGGAGAGAGAAAACACACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012681
ATGAAGCAGCAGCAATGGCAGCTGTGCAGAAAAAGGACTCAATTCAACATTAAGAAGAAACTCCTCTGGCGAATCTCTATCCTGCGCCGATACGTCCGATCGGTTTGGAGCCAGTTTCTGGCTTGCTGGAGCGGCAAGATCTCAGGCACCTACCGGCCTCTTCCTCCCAATTCCGCCGCCGCGACCACCGCCGTCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCGCCCGCCGCCGCCGCGCTGCCGTTGCGGCTCAGCTATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796656.1
MKQQQWQLCRKRTQFNIKKKLLWRISILRRYVRSVWSQFLACWSGKISGTYRPLPPNSAAATTAVSSSSSSSSSPAAAALPLRLSYGKDASDLVSLKISLFGDSNIGKTSFLTKYTGVTKRDEENTGMGINHVDKILDVKGARISYSIWDVGGDDSSHNQIPIASKDSVAMLFMFDLTSRRTLKSVITWYQEARKYNQTAVPVFIGTKFDEFIQLPIALQWTIASQARGYAKALNAPLFFSSAKYNINVNKVFKFITAKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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