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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000302

染色体: Chr02 坐标: 3828212-3831792 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000302
名称SmilChr02G000302
描述uncharacterized SmilChr02G000302
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向3828212 - 3831792 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012698
GeneID131012698
locus_tag-
NCBI NameLOC131012698
原始查询SmilChr02G000302

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述triacylglycerol lipase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839352]; symbol=AT1G04985; hit=AT1G04985; species=arabidopsis; confidence=high
产物triacylglycerol lipase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839352]; symbol=AT1G04985; hit=AT1G04985; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G04985 (AT1G04985)
triacylglycerol lipase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839352]
identity=52.7; qcov=0.954; evalue=9.7e-56; confidence=high
RiceOs04g0669100
-
identity=45.8; qcov=0.898; evalue=3.86e-51; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012698

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057796671.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057796671.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057796671.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796671.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796671.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:3828484 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr2:3829773 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C40
Chr2:3829773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr2:3831497 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B88,C51
Chr2:3831503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B62,B71,B77,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940688.1
GATATATTCTCAAAAATAAGGGGTGAAAATGTGATTTGCACAAAAATAATCACTAACCTGCGTTCGAATTTTCTGGCGTTTCGAGTGTGTGACCTCTTCAGCAAGAATCTGAATTTCATGCGAATTTTGGCACCTTAATTCACTGCCCTTCGCCATCACAAATTCTTATGAAAACCCTTTCGTTTTGAAAATCGAGTCGAAATTGAAACCTAGAAATTCATCGTTCAAAATAATCGAGAGGGAAAGGAAGTTTTTAGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012698
ATGAGAGGAGGAATGTATAGAAGTATACCGCGATTGAGGGCGTCGGGCTCCTCGATTATGAAGTCTATTGCAGCATCGCAGCTGAGAAGAAAAGCTATGAATTCTTTCTCTGCTGCTCAGGACACTTATTCTTCCATAAAGGATTTATTTGAGAGGCATAAGGTGGTGTTTACCGTCTCCACTTCCATTGCATCAGTTGTTACAGCTTGGGCTGGTTATTCTTTACGCCAATTGCATCAGTCGAGAGTCGAGCAGAAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796671.1
MRGGMYRSIPRLRASGSSIMKSIAASQLRRKAMNSFSAAQDTYSSIKDLFERHKVVFTVSTSIASVVTAWAGYSLRQLHQSRVEQKLESIEKAMKNNYQMEDPELRRLVSGTVSLPACLATAGTGLIIGFGLGWRGGARYTNRRLQREQMKLLGQLKPKRWPLKLKFFKRPILKRRLQENADKISEPLQKDASPQKC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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