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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000306

染色体: Chr02 坐标: 3855165-3858519 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000306
名称SmilChr02G000306
描述probable WRKY transcription factor 31
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向3855165 - 3858519 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012702
GeneID131012702
locus_tag-
NCBI NameLOC131012702
原始查询SmilChr02G000306

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable WRKY transcription factor 31
产物probable WRKY transcription factor 31
ArabidopsisAT1G62300 (WRKY6)
WRKY family transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842527]
identity=42.5; qcov=1.07; evalue=1.93e-104; confidence=medium
RiceOs05g0137500 (OsWRKY5)
-
identity=47.5; qcov=0.568; evalue=3.94e-54; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
PfamPF03106 (WRKY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012702

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796676.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796676.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796676.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796676.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057796676.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:3855402 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:3855417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr2:3855427 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B71,C63,C67,D11
Chr2:3855432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B71,C63,C67,D11
Chr2:3855732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B88
Chr2:3857123 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C33
Chr2:3857131 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C33
Chr2:3857143 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:3857160 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B17,B37
Chr2:3857354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr2:3857371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,A23,B95,C72
Chr2:3857717 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796676.1
486 aa
N
1
243
486
WRKY
C
PF03106 WRKY 230-287 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796676.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 230 287 2.4e-25 89.2 WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940693.1
AAAATCACAAAGGTGATTTAAAATAAGAGAGATTTGGTGTGAACGTAGCTCTAGTCTTTCAACCCTCCCATTTTACTGCCGAGTCACTAGCAAAGACTTGCCATTTTCTCATATATTGCCAATTTTGAAAGTTGGACTCTCATTTGATCCAACACCACACAATCCACCACCACCACCACCGCCACCGCCGCCGCCACCGTCTTCATCCATGGACTCCGCTAGATCGCCGCCGCCTCCCACCATCCAGTTCCCGCTGAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012702
ATGGACTCCGCTAGATCGCCGCCGCCTCCCACCATCCAGTTCCCGCTGAACCTCGGCCGCGGCGGCGCCGATCAAGCAGCGGAGAATGCCAATGATAAAGGGAAAGCCGCCGTAGATGAGATGGACTTTTTCTCCGAGAAGAAAGAGCGCAGCAGCGGCGGCGGCTGCGGCGGCGCTTGTAGTGATTTATACACGACGGAGCCTTCTTCAATCTCGGATTTCAACGTCAATACCGAGCTGCTCCTCCTCACGGCGAACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796676.1
MDSARSPPPPTIQFPLNLGRGGADQAAENANDKGKAAVDEMDFFSEKKERSSGGGCGGACSDLYTTEPSSISDFNVNTELLLLTANNGGDGGTSSNSDRRLKSEVGVLKSKLERMNSENERLKEMLNHAKNKYNGLQMHLQTIIQEQQHKGVADQEGKISFHGNGPPNANDILSFEEDGPTAGGEGNQSPQQKFLSHSASPNSVDQATEATIRKARVSVRAWCEGPMMTDGCQWRKYGQKIAKGNPCPRAYYRCTMAVGC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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