当前解析结果
SmilChr02G000315| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000315 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000315 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G000315 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 3973583 - 3976334 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012739 |
|---|---|
| GeneID | 131012739 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012739 |
| 原始查询 | SmilChr02G000315 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07468 (Agglutinin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012739 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057796720.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057796720.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796720.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796720.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796720.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:3974457 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr2:3974483 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr2:3974484 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:3974513 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C5 |
Chr2:3974513 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr2:3974556 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B121,C37,C71 |
Chr2:3974712 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B119 |
Chr2:3974712 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B119 |
Chr2:3974731 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,C30 |
Chr2:3974746 |
C |
CGT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B75,C43,C72 |
Chr2:3974746 |
C |
CGT |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | B75,C43,C72 |
Chr2:3974750 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796720.1PF07468
Agglutinin 44-119 aa
XP_057796721.1PF07468
Agglutinin 44-119 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796720.1 |
Pfam | PF07468 |
Agglutinin | Domain | 44 | 119 | 4.8e-13 | 50.2 | Agglutinin domain |
XP_057796721.1 |
Pfam | PF07468 |
Agglutinin | Domain | 44 | 119 | 4.8e-13 | 50.2 | Agglutinin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。