Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000324

染色体: Chr02 坐标: 4055664-4056191 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000324
名称SmilChr02G000324
描述dirigent protein 22-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向4055664 - 4056191 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007859
GeneID131007859
locus_tag-
NCBI NameLOC131007859
原始查询SmilChr02G000324

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dirigent protein 22-like
产物dirigent protein 22-like
ArabidopsisAT2G21100 (AT2G21100)
Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816645]
identity=33.3; qcov=0.84; evalue=1.55e-18; confidence=low
RiceOs12g0174700
-
identity=34.9; qcov=0.834; evalue=7.29e-16; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF03018 (Dirigent)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007859

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057790756.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057790756.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790756.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790756.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790756.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:4055874 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B103
Chr2:4055874 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B103
Chr2:4055879 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B103
Chr2:4055879 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 B103
Chr2:4055882 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B103
Chr2:4055882 AAC A 2bp_deletion CDS_variant 1 B103
Chr2:4055925 C CAG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B103,C73
Chr2:4055925 C CAG 2bp_insertion CDS_variant 2 B103,C73
Chr2:4055965 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C73
Chr2:4055985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C73
Chr2:4056020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr2:4056110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790756.1
175 aa
N
1
88
175
Dirigent
C
PF03018 Dirigent 30-171 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790756.1 Pfam PF03018 Dirigent Family 30 171 7.3e-32 110.9 Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934773.1
ATGGCATCCATCAAAATCACATTATTTGCACTTCTATTTCTCGCCATTTTTACATATTCTAAGGCAACCCTGAGCCCTCTCAAAGAGACCGAAATAACACTCTACTACAAAATTTCTGCCGGTGGCCCAAATGCGACCGTGATCGAGGTCCCGGGCCCGTCAATCGGGCCCCTAAACTTCACTAGGTTCGGAGCCACGTTTGTCTCGGACACCCTGATAACCGAAGAAATCGAGGAATTCTCGGCCCCAGTCGCTAGGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007859
ATGGCATCCATCAAAATCACATTATTTGCACTTCTATTTCTCGCCATTTTTACATATTCTAAGGCAACCCTGAGCCCTCTCAAAGAGACCGAAATAACACTCTACTACAAAATTTCTGCCGGTGGCCCAAATGCGACCGTGATCGAGGTCCCGGGCCCGTCAATCGGGCCCCTAAACTTCACTAGGTTCGGAGCCACGTTTGTCTCGGACACCCTGATAACCGAAGAAATCGAGGAATTCTCGGCCCCAGTCGCTAGGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790756.1
MASIKITLFALLFLAIFTYSKATLSPLKETEITLYYKISAGGPNATVIEVPGPSIGPLNFTRFGATFVSDTLITEEIEEFSAPVARGRRFFVIAALDGSQSLWVDSVVFINGKYKGSTLQLQGSYSFMELSEMAVVGGTGKFRRASGYATFETVYFDPVRSYAVLQSNLTVLHYV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器