Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000326`

染色体: Chr02 坐标: 4091261-4091788 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000326`
名称	SmilChr02G000326
描述	dirigent protein 22-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	4091261 - 4091788 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007860`
GeneID	`131007860`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007860`
原始查询	`SmilChr02G000326`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	dirigent protein 22-like
产物	dirigent protein 22-like
Arabidopsis	`AT2G21100` (AT2G21100) Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816645] identity=33.3; qcov=0.84; evalue=1.55e-18; confidence=low
Rice	`Os12g0174700` - identity=34.9; qcov=0.834; evalue=7.29e-16; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03018 (Dirigent)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007860

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057790757.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057790757.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790757.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790757.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790757.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:4091328`	`C`	`CGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	B11,B29,B47,B65,B99,C14,C59
`Chr2:4091340`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B27,B9,D3
`Chr2:4091340`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B27,B9,D3
`Chr2:4091398`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr2:4091410`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,B41
`Chr2:4091411`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr2:4091427`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B113,C42,C64,C67
`Chr2:4091444`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A9
`Chr2:4091444`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A9
`Chr2:4091445`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B76,C67
`Chr2:4091467`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,C51
`Chr2:4091470`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	14	A23,A9,B108,B117,B18,B19,B70,B96,C17,C27,C48,C69,C77,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790757.1

175 aa

175

Dirigent

PF03018 Dirigent 30-171 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790757.1`	Pfam	`PF03018`	Dirigent	Family	30	171	7.3e-32	110.9	Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934774.1
ATGGCATCCATCAAAATCACATTATTTGCACTTCTATTTCTCGCCATTTTTACATATTCTAAGGCAACCCTGAGCCCTCTCAAAGAGACCGAAATAACACTCTACTACAAAATTTCTGCCGGTGGCCCAAATGCGACCGTGATCGAGGTCCCGGGCCCGTCAATCGGGCCCCTAAACTTCACTAGGTTCGGAGCCACGTTTGTCTCGGACACCCTGATAACCGAAGAAATCGAGGAATTCTCGGCCCCAGTCGCTAGGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007860
ATGGCATCCATCAAAATCACATTATTTGCACTTCTATTTCTCGCCATTTTTACATATTCTAAGGCAACCCTGAGCCCTCTCAAAGAGACCGAAATAACACTCTACTACAAAATTTCTGCCGGTGGCCCAAATGCGACCGTGATCGAGGTCCCGGGCCCGTCAATCGGGCCCCTAAACTTCACTAGGTTCGGAGCCACGTTTGTCTCGGACACCCTGATAACCGAAGAAATCGAGGAATTCTCGGCCCCAGTCGCTAGGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790757.1
MASIKITLFALLFLAIFTYSKATLSPLKETEITLYYKISAGGPNATVIEVPGPSIGPLNFTRFGATFVSDTLITEEIEEFSAPVARGRRFFVIAALDGSQSLWVDSVVFINGKYKGSTLQLQGSYSFMELSEMAVVGGTGKFRRASGYATFETVYFDPVRSYAVLQSNLTVLHYV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器