Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000329

染色体: Chr02 坐标: 4201138-4202670 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000329
名称SmilChr02G000329
描述uncharacterized SmilChr02G000329
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向4201138 - 4202670 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007861
GeneID131007861
locus_tag-
NCBI NameLOC131007861
原始查询SmilChr02G000329

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007861

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790758.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057790758.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057790758.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057790758.1
5 P-body P-body 0.40000 XP_057790758.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:4201151 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 55 A14,A18,A20,A25,A4,A7,B106,B124,B125,B126,B132,B134,B14,B17,B29,B38,B39,B41,B44,B45,B55,B56,B57,B59,B65,B72,B79,B80,B83,B85,B90,B92,C21,C29,C30,C36,C39,C4,C43,C45,C53,C54,C55,C57,C59,C61,C70,C73,C76,C81,C82,C85,C87,D7,D9
Chr2:4201156 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B55,B56,B57,C82
Chr2:4201156 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 B55,B56,B57,C82
Chr2:4201189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B74,C62,C7
Chr2:4201191 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B136,B55,B56,B57,C82,D11
Chr2:4201194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:4201198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr2:4201206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B47
Chr2:4201211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B74,C62,C7
Chr2:4201243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B8,C62
Chr2:4201258 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B25,B66,B92
Chr2:4201263 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934775.1
ATGTCTGAAGATGGGGATGATGACCGTGATGACATTCTGCCACCACCACCGTTGATAAGAGAGTTGGGCCGCCGCAAGAGAAGTCATCCGCTATGCATTGTGTTGCCCACGATTAATCAAAATGCTGAAATCAAGTCTGACTTCATTCAAGTTCTTCCAAAATTCAGCAACTCGCTTGGAGAGAGTGCACATAAACATCTTGCTGAATTTGATTTAGTTTGCACTACTTTACGCCCTCAAGGTTTTCCTGAAGATCATGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007861
ATGTCTGAAGATGGGGATGATGACCGTGATGACATTCTGCCACCACCACCGTTGATAAGAGAGTTGGGCCGCCGCAAGAGAAGTCATCCGCTATGCATTGTGTTGCCCACGATTAATCAAAATGCTGAAATCAAGTCTGACTTCATTCAAGTTCTTCCAAAATTCAGCAACTCGCTTGGAGAGAGTGCACATAAACATCTTGCTGAATTTGATTTAGTTTGCACTACTTTACGCCCTCAAGGTTTTCCTGAAGATCATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790758.1
MSEDGDDDRDDILPPPPLIRELGRRKRSHPLCIVLPTINQNAEIKSDFIQVLPKFSNSLGESAHKHLAEFDLVCTTLRPQGFPEDHVRLLTFPHTLQGRARDWLFDLSPGSIRTWNDLEEQFLRKFFSESKAANLRIAISSIKQRQQECLSDYWERFQQLCHRCPNHGFSDYQLLINYFYRGMSSFDRRIVDAACGGSLTNKTLDEAKQLIFDMVTNGQQYEDKDDDRYRPVNRAEDVCVNEKLDALTSLVRGLVGAQIQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器