Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000346

染色体: Chr02 坐标: 4507986-4508492 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000346
名称SmilChr02G000346
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62720-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向4507986 - 4508492 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007869
GeneID131007869
locus_tag-
NCBI NameLOC131007869
原始查询SmilChr02G000346

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62720-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62720-like
ArabidopsisAT1G62720 (NG1)
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842570]
identity=41.9; qcov=0.81; evalue=3.2e-31; confidence=medium
RiceOs03g0165100
-
identity=40.2; qcov=0.726; evalue=2.2e-28; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007869

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057790765.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057790765.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790765.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790765.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790765.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:4508070 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 11 A21,A22,A23,B101,B108,B122,B128,B131,B93,C39,C70
Chr2:4508154 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B54,B66,C55
Chr2:4508168 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 72 A14,A18,A2,A21,A22,A23,A6,A8,B100,B101,B103,B105,B106,B107,B108,B11,B112,B12,B122,B124,B125,B126,B128,B131,B36,B38,B39,B42,B43,B44,B50,B58,B59,B64,B66,B68,B69,B73,B77,B79,B8,B87,B93,B96,B97,B99,C16,C19,C2,C20,C21,C3,C33,C37,C39,C40,C41,C47,C49,C53,C56,C64,C66,C70,C78,C80,C82,C84,C87,D2,D5,D7
Chr2:4508190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B64,C24,D6
Chr2:4508251 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B75,C43
Chr2:4508251 T TC 1bp_insertion CDS_variant 2 B75,C43
Chr2:4508266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B31,B7,C34
Chr2:4508394 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 19 A13,A23,A6,B128,B13,B140,B18,B38,B42,B43,B50,B65,B68,B95,C19,C40,C5,C7,D11
Chr2:4508424 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B10,B104,B135,B14,C74
Chr2:4508424 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B104,B135,B14,C74
Chr2:4508478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C17
Chr2:4508487 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,A5,B12,C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790765.1
168 aa
N
1
84
168
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF13041 PPR_2 26-69 aa PF01535 PPR 29-44 aa PF17177 PPR_long 40-145 aa PF13812 PPR_3 44-100 aa PF12854 PPR_1 51-83 aa PF13041 PPR_2 55-103 aa PF01535 PPR 58-85 aa PF23276 TPR_24 59-146 aa PF12854 PPR_1 87-119 aa PF01535 PPR 93-123 aa PF13812 PPR_3 114-144 aa PF12854 PPR_1 121-147 aa PF13041 PPR_2 125-148 aa PF01535 PPR 129-147 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790765.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 26 69 1.4e-39 134.6 PPR repeat family
XP_057790765.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 29 44 1e-25 88.8 PPR repeat
XP_057790765.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 40 145 1.5e-08 35.0 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057790765.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 44 100 1.2e-19 70.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057790765.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 51 83 3.3e-45 152.2 PPR repeat
XP_057790765.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 55 103 1.4e-39 134.6 PPR repeat family
XP_057790765.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 58 85 1e-25 88.8 PPR repeat
XP_057790765.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 59 146 7.3e-08 33.1 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057790765.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 87 119 3.3e-45 152.2 PPR repeat
XP_057790765.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 93 123 1e-25 88.8 PPR repeat
XP_057790765.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 114 144 1.2e-19 70.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057790765.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 121 147 3.3e-45 152.2 PPR repeat
XP_057790765.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 125 148 1.4e-39 134.6 PPR repeat family
XP_057790765.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 129 147 1e-25 88.8 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934782.1
ATGAGCTGTGCAAAGGTGGACAGGTCATTGAAGCCCATGATTGGCTCCACATTAGAAAATAGTGGATGGAGTCTCGACGTTAAAGCATATAATGCACTAGTTGATGGATTTTGCAAGGGTGGAATGGTGGTTCTATCCGAAATGGTTGGGAAATGTATTTTACCTAACGTTGTCACTTATAGTTCCATTATTCATGCATACTGTAAGGAAGAAAAGATGGAAAAGGCTGAGAATATGCTGGAAATTATGATGCAACAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007869
ATGAGCTGTGCAAAGGTGGACAGGTCATTGAAGCCCATGATTGGCTCCACATTAGAAAATAGTGGATGGAGTCTCGACGTTAAAGCATATAATGCACTAGTTGATGGATTTTGCAAGGGTGGAATGGTGGTTCTATCCGAAATGGTTGGGAAATGTATTTTACCTAACGTTGTCACTTATAGTTCCATTATTCATGCATACTGTAAGGAAGAAAAGATGGAAAAGGCTGAGAATATGCTGGAAATTATGATGCAACAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790765.1
MSCAKVDRSLKPMIGSTLENSGWSLDVKAYNALVDGFCKGGMVVLSEMVGKCILPNVVTYSSIIHAYCKEEKMEKAENMLEIMMQQHICPDVFTYSLLIEGLCLKGEIGRAKQLLDSMVERGLKPNIVNYNTLLNGYCKKGSVDEAWRRCAGENSWLIPLSFMLCMIN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器