Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000363`

染色体: Chr02 坐标: 4658293-4658916 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000363`
名称	SmilChr02G000363
描述	F-box protein SNE-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	4658293 - 4658916 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012768`
GeneID	`131012768`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012768`
原始查询	`SmilChr02G000363`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein SNE-like
产物	F-box protein SNE-like
Arabidopsis	`AT5G48170` (SLY2) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834869] identity=57; qcov=0.948; evalue=7.96e-42; confidence=medium
Rice	`Os03g0196500` (OsFbox131) - identity=63.5; qcov=0.63; evalue=1.19e-30; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0009740 (gibberellic acid mediated signaling pathway); GO:0009937 (regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway); GO:0019005 (SCF ubiquitin ligase complex)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012768

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796773.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057796773.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796773.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796773.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796773.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:4658426`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,A22,B58,C71,D11
`Chr2:4658440`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B17,B84,C70
`Chr2:4658459`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B90,B92,C21,C73
`Chr2:4658477`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B58
`Chr2:4658513`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B139,B34,C16,C41
`Chr2:4658558`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr2:4658673`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,A22,C28,C71
`Chr2:4658721`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	B119,B120,B132,B38,B39,B6,C10,C40,C46,C67,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796773.1

135 aa

135

F-box

F-box-like

PF00646 F-box 14-50 aa PF12937 F-box-like 15-55 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796773.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	14	50	1.6e-07	31.7	F-box domain
`XP_057796773.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	15	55	7.7e-11	42.3	F-box-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940790.1
AAGGTCACACGACAAGCTGTGAATAGCGGTTATTGGTAGATATTTTGAACCTCCCCTATAAATTCTCACCATTTACTTCCTCTTTTATTCCCATCAAAGAAAAAAGAGTGAAAATGGTGGTAAAGAGAAACGTATACTACATCAACGACAATCTCGACATGCTCATCGAAATACTTAAACGCCTAGACGGCCGGTCTCTCGGCGTCGCCGCCTGCGTCTGCCGCCTCTGGTCGGCCCTCGCCCGCCACGACTCGCTCTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012768
ATGGTGGTAAAGAGAAACGTATACTACATCAACGACAATCTCGACATGCTCATCGAAATACTTAAACGCCTAGACGGCCGGTCTCTCGGCGTCGCCGCCTGCGTCTGCCGCCTCTGGTCGGCCCTCGCCCGCCACGACTCGCTCTGGGAGCACCTCTGCTTTCGCCACCTCTCCCCTCCTCCCCACGGCGTCAGGGCCGTCGTCGCCGCCCTCGGAGGCTACCGAAGCTTCTACATGCTCTGCTTCAAGCCCGTCGGAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796773.1
MVVKRNVYYINDNLDMLIEILKRLDGRSLGVAACVCRLWSALARHDSLWEHLCFRHLSPPPHGVRAVVAALGGYRSFYMLCFKPVGAAERRLSTRHEMDISLSLFCVDYYERVLLAGAARIPPAPSPPLIFLCNV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器