Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000373`

染色体: Chr02 坐标: 4724059-4727197 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000373`
名称	SmilChr02G000373
描述	uncharacterized SmilChr02G000373
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	4724059 - 4727197 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007874`
GeneID	`131007874`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007874`
原始查询	`SmilChr02G000373`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G05850` (MUG7) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859] identity=24.5; qcov=0.752; evalue=1.63e-47; confidence=weak
Rice	`Os12g0597300` - identity=25.8; qcov=0.718; evalue=1.69e-55; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007874

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790771.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057790771.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790771.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790771.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790771.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:4724100`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	A8,B132,B22,B52,B54,B69,B70,B86,C25,C49,C55,C83
`Chr2:4724106`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,D5
`Chr2:4724201`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B140,C30,C7
`Chr2:4724201`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B140,C30,C7
`Chr2:4724206`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	B140,C30,C7,C80
`Chr2:4724206`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	CDS_variant	4	B140,C30,C7,C80
`Chr2:4724215`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B120
`Chr2:4724215`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B120
`Chr2:4724220`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B105,B135,B55
`Chr2:4724220`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B105,B135,B55
`Chr2:4724237`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B35,B72,C87,D5
`Chr2:4724271`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790771.1

766 aa

383

766

MULE

Transposase_mut

SWIM

PF10551 MULE 387-480 aa PF00872 Transposase_mut 404-534 aa PF04434 SWIM 591-622 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790771.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	387	480	8.7e-20	71.6	MULE transposase domain
`XP_057790771.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	404	534	4.8e-07	29.7	Transposase, Mutator family
`XP_057790771.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	591	622	2.2e-08	34.1	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934788.1
ATGGGTGCAACATCTGTTATTATTGCTCATGGAGGAACTTGGGTTAACAATGTTTATGAGGGTGGACGGAGGGAATATATGCCTACACCGTCTAATGGTATAAGATTCATTGATCTACTTGGTAAGATTGAACTTCGTTTAATGAAAAATAGGACTGTCTATATGTATGAGATTGATGCATTGTTTCAGTCTCCTGGATGTGAGGTGATGAGGATGAAGATTACTGATGATTTTGAACTGTCACATTTGTTGAATTCTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007874
ATGGGTGCAACATCTGTTATTATTGCTCATGGAGGAACTTGGGTTAACAATGTTTATGAGGGTGGACGGAGGGAATATATGCCTACACCGTCTAATGGTATAAGATTCATTGATCTACTTGGTAAGATTGAACTTCGTTTAATGAAAAATAGGACTGTCTATATGTATGAGATTGATGCATTGTTTCAGTCTCCTGGATGTGAGGTGATGAGGATGAAGATTACTGATGATTTTGAACTGTCACATTTGTTGAATTCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790771.1
MGATSVIIAHGGTWVNNVYEGGRREYMPTPSNGIRFIDLLGKIELRLMKNRTVYMYEIDALFQSPGCEVMRMKITDDFELSHLLNSVQMPILHVTVSLRSNDLVKHVLHNPVVEVSASSNFNSSDNQMDGLENGCEVADDVDEEDEGDDGLVGQSDYGSDDDEDFDDCCGAAYQASVPFQELGIEEDDSSSDTFSVGGIFKNKDKMVVACGVYHLINHASFTIVRSSLSRYYVVCKFGGGCLFVLRGKALGKMWTITEFV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器