Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000374

染色体: Chr02 坐标: 4741239-4744654 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000374
名称SmilChr02G000374
描述probable glycosyltransferase At5g03795
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向4741239 - 4744654 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012751
GeneID131012751
locus_tag-
NCBI NameLOC131012751
原始查询SmilChr02G000374

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable glycosyltransferase At5g03795
产物probable glycosyltransferase At5g03795
ArabidopsisAT5G03795 (AT5G03795)
Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3770626]
identity=57.3; qcov=1.03; evalue=3.16e-148; confidence=high
RiceOs07g0188700
-
identity=56.2; qcov=1.03; evalue=1.67e-138; confidence=high
GOGO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF03016 (Exostosin_GT47)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012751

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057796737.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796737.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796737.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796737.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796737.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:4741348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B16
Chr2:4741450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C28,C71
Chr2:4741470 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr2:4741474 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B104
Chr2:4741474 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B104
Chr2:4741532 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr2:4741535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C33,C80,C86
Chr2:4741571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B2,B31,B33,C24
Chr2:4741577 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,B95
Chr2:4741608 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr2:4741637 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C12
Chr2:4741649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796737.1
342 aa
N
1
171
342
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 47-291 aa
XP_057796738.1
342 aa
N
1
171
342
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 47-291 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796737.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 47 291 4.7e-55 187.7 Exostosin GT47 domain
XP_057796738.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 47 291 4.7e-55 187.7 Exostosin GT47 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940755.1
CTCATCCCTTTGCTTCTGATCATCTCACTTGTTGTTCCACCTTTCATTAATCCTCAAAACTCTTTTGCCTTCTTCAGCTCGAATTCGTCGTCTCTAGAAGCTTCCACTGCTCATCATCAACACACAAATCAAAGAGAGCAAGAGAGGTTGGAGAAAAGCGAGGCGATTCTTGCGAAAGCGCGCTCTTCCATTAGAGAAGCTGCTGCAAATAAGCCTCAGTTGATAGCAGATGATCATATTCCTCAAGGGCCCTCTTTATA...
XM_057940754.1
TTTCCAAATGTGGCATATATATGATGATTATTTGTAGCTTTTTGGGGGAAGAAGCAGCAAAGAGAGCAAGAGAGGTTGGAGAAAAGCGAGGCGATTCTTGCGAAAGCGCGCTCTTCCATTAGAGAAGCTGCTGCAAATAAGCCTCAGTTGATAGCAGATGATCATATTCCTCAAGGGCCCTCTTTATAGGAATGCTAATGCATTTCTTAGGAGCTATGAAGAAATGGAAAAGGTGTTCAAAATTTATGTATACGAGGAAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131012751
ATGATCATATTCCTCAAGGGCCCTCTTTATAGGAATGCTAATGCATTTCTTAGGAGCTATGAAGAAATGGAAAAGGTGTTCAAAATTTATGTATACGAGGAAGGAGAAATGCCAATATTCCACAATGGGCCATGCAAAAGTAGGGTTTATCGAACACGTGATCCGAGGCGAGCGCACGTGTTTTTCTTGCCCTTTAGTGTTGCAGTGATGGTTCAGCATCTGTATGAGGCAGGAAGCAAGGATAGAGATGCCATAGTTGA...
LOC131012751
ATGATCATATTCCTCAAGGGCCCTCTTTATAGGAATGCTAATGCATTTCTTAGGAGCTATGAAGAAATGGAAAAGGTGTTCAAAATTTATGTATACGAGGAAGGAGAAATGCCAATATTCCACAATGGGCCATGCAAAAGTAGGGTTTATCGAACACGTGATCCGAGGCGAGCGCACGTGTTTTTCTTGCCCTTTAGTGTTGCAGTGATGGTTCAGCATCTGTATGAGGCAGGAAGCAAGGATAGAGATGCCATAGTTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057796737.1
MIIFLKGPLYRNANAFLRSYEEMEKVFKIYVYEEGEMPIFHNGPCKSRVYRTRDPRRAHVFFLPFSVAVMVQHLYEAGSKDRDAIVEVVADFVHMVSLKHPFWNSSLGADHFMLSCHDWGPFSTRHVPNLFHNSIRVLCNANTSEGFNPVKDASLPEINLKTGEESDWLLGGTPPLQRPFLAFFAGGLHGHIRHLLLGHWKGKEDPQMKVYDKLPTNVSYKTMLRNSRFCLCPSGYEVASPRVVEAIYSQCIPVLISDGY...
XP_057796738.1
MIIFLKGPLYRNANAFLRSYEEMEKVFKIYVYEEGEMPIFHNGPCKSRVYRTRDPRRAHVFFLPFSVAVMVQHLYEAGSKDRDAIVEVVADFVHMVSLKHPFWNSSLGADHFMLSCHDWGPFSTRHVPNLFHNSIRVLCNANTSEGFNPVKDASLPEINLKTGEESDWLLGGTPPLQRPFLAFFAGGLHGHIRHLLLGHWKGKEDPQMKVYDKLPTNVSYKTMLRNSRFCLCPSGYEVASPRVVEAIYSQCIPVLISDGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器