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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000377

染色体: Chr02 坐标: 4758936-4763213 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000377
名称SmilChr02G000377
描述zinc finger protein CONSTANS-LIKE 9-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向4758936 - 4763213 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012741
GeneID131012741
locus_tag-
NCBI NameLOC131012741
原始查询SmilChr02G000377

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger protein CONSTANS-LIKE 9-like
产物zinc finger protein CONSTANS-LIKE 9-like
ArabidopsisAT3G07650 (COL9)
CONSTANS-like 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819956]
identity=51.5; qcov=1.04; evalue=6.97e-134; confidence=high
RiceOs06g0298200 (OsBBX19)
-
identity=50.4; qcov=1.02; evalue=3.04e-121; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF06203 (CCT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012741

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796724.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796724.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796724.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796724.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057796724.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:4760126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr2:4760274 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B63,B73,C35
Chr2:4761356 A ACT 2bp_insertion frameshift_variant 1 A8
Chr2:4761356 A ACT 2bp_insertion CDS_variant 1 A8
Chr2:4761387 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:4761390 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr2:4761397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr2:4762302 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B25
Chr2:4762356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B25
Chr2:4762359 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr2:4762362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,D11
Chr2:4762368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,C42,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796724.1
410 aa
N
1
205
410
CCT
C
PF06203 CCT 353-395 aa
XP_057796725.1
410 aa
N
1
205
410
CCT
C
PF06203 CCT 353-395 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796724.1 Pfam PF06203 CCT Motif 353 395 3.5e-16 59.7 CCT motif
XP_057796725.1 Pfam PF06203 CCT Motif 353 395 3.5e-16 59.7 CCT motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097426.1
TTTTATATGAACTTTTTGTCAGAATTCACAAAATTCAGTTGCTCACCACTCTCATCTCCTGCTCTACTTCGGATACAGAATCTCTCTTCTCCAAAAAAGCTCCATCTTTTTCTGTTACTTAGGGTTTTAATCAGCTGATCACGCCTGCTCAACTCGCCGTATCTACCATTTTCTTCTTACTTTTCTTCCTATACCAATCTGCCTTTATCGCTGAGTTAGAGAATAAAGTGTTTTTGTAGAGACGAATTTGTAGAAAAGCC...
XR_009097427.1
TTTTATATGAACTTTTTGTCAGAATTCACAAAATTCAGTTGCTCACCACTCTCATCTCCTGCTCTACTTCGGATACAGAATCTCTCTTCTCCAAAAAAGCTCCATCTTTTTCTGTTACTTAGGGTTTTAATCAGCTGATCACGCCTGCTCAACTCGCCGTATCTACCATTTTCTTCTTACTTTTCTTCCTATACCAATCTGCCTTTATCGCTGAGTTAGAGAATAAAGTGTTTTTGTAGAGACGAATTTGTAGAAAAGCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131012741
ATGGGTTATCTTTGTGATTTCTGTGGGGAGCAAAGATCTATTGTGTACTGTCGGTCAGATTCGGCTAGTTTATGTTTGTCCTGTGACCGCAATGTCCATTCCGCTAACGCCCTTTCGAAACGACACTCAAGAACACTTCTTTGTGAAAGATGCAATTCTCAGCCAGCTTCTGTTAGATGTATGGAGGAGAGAGTATCTCTTTGCCACAATTGTGATTGGATGGGGCATTCCAGCTCAAACACGAGTACTGCGCATAAAAA...
LOC131012741
ATGGGTTATCTTTGTGATTTCTGTGGGGAGCAAAGATCTATTGTGTACTGTCGGTCAGATTCGGCTAGTTTATGTTTGTCCTGTGACCGCAATGTCCATTCCGCTAACGCCCTTTCGAAACGACACTCAAGAACACTTCTTTGTGAAAGATGCAATTCTCAGCCAGCTTCTGTTAGATGTATGGAGGAGAGAGTATCTCTTTGCCACAATTGTGATTGGATGGGGCATTCCAGCTCAAACACGAGTACTGCGCATAAAAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057796724.1
MGYLCDFCGEQRSIVYCRSDSASLCLSCDRNVHSANALSKRHSRTLLCERCNSQPASVRCMEERVSLCHNCDWMGHSSSNTSTAHKKQHVNCYSGCPSAAELSHIWSFLLDSPSVGGSACEQGMDSMSISDNKLRDFQGTQEKNSCKGVSFATEASNLSNVDMDKEAVWMESSTLLYSKMQNAGMLAGSTRSAMRKVYVPCEKGIAECEDNDFYDNFNVDEIDLGIENYDELFGAALGNPDRLFDNEDIDGLFGPHDMSG...
XP_057796725.1
MGYLCDFCGEQRSIVYCRSDSASLCLSCDRNVHSANALSKRHSRTLLCERCNSQPASVRCMEERVSLCHNCDWMGHSSSNTSTAHKKQHVNCYSGCPSAAELSHIWSFLLDSPSVGGSACEQGMDSMSISDNKLRDFQGTQEKNSCKGVSFATEASNLSNVDMDKEAVWMESSTLLYSKMQNAGMLAGSTRSAMRKVYVPCEKGIAECEDNDFYDNFNVDEIDLGIENYDELFGAALGNPDRLFDNEDIDGLFGPHDMSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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