Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000407`

染色体: Chr02 坐标: 5034119-5040364 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000407`
名称	SmilChr02G000407
描述	heat shock 70 kDa protein 17-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	5034119 - 5040364 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012794`
GeneID	`131012794`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012794`
原始查询	`SmilChr02G000407`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	heat shock 70 kDa protein 17-like
产物	heat shock 70 kDa protein 17-like
Arabidopsis	`AT4G16660` (AT4G16660) heat shock protein 70 (Hsp 70) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827367] identity=66.8; qcov=0.952; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0710900` - identity=65; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0030968 (endoplasmic reticulum unfolded protein response); GO:0034663 (endoplasmic reticulum chaperone complex); GO:0071456 (cellular response to hypoxia); GO:0140662 (ATP-dependent protein folding chaperone); GO:1903298 (negative regulation of hypoxia-induced intrinsic apoptotic signaling pathway)
KEGG	smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00012 (HSP70)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012794

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057796784.1`
2	Endoplasmic reticulum lumen	内质网腔	0.40000	`XP_057796784.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057796784.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796784.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796784.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:5034504`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:5034544`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B61,B75,B83
`Chr2:5034559`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B75,B83,C74,D8
`Chr2:5034607`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,B83
`Chr2:5034639`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B118,B5,C23
`Chr2:5036231`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C6,D10
`Chr2:5037235`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,D11
`Chr2:5037246`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C6,D10
`Chr2:5037389`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr2:5037470`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C7
`Chr2:5038529`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr2:5038829`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796784.1

892 aa

446

892

HSP70

PF00012 HSP70 29-738 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796784.1`	Pfam	`PF00012`	HSP70	Family	29	738	7.1e-91	305.9	Hsp70 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940801.1
AACTCCCCAATTTGATGCAACGGTGGTGAGCTCGAAACTTCCACAAAAATGGCGACGCCGAGTTCACTGCACGCGCTGCTCTTCCTCTCGCTCTTCCTGCTGCATTCGTTTCAAACCGAATCGGCGGTGGCCAGCATAGATCTCGGCTCGGAATGGCTCAAAGTCGCCGTAGTCAACCTCAAGCCCGGCCAGGCGCCGATCTCCGTCGCCATCAACGAGATGTCGAAGCGGAAGACACCGACGCTCATCAGTTTCCACGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012794
ATGGCGACGCCGAGTTCACTGCACGCGCTGCTCTTCCTCTCGCTCTTCCTGCTGCATTCGTTTCAAACCGAATCGGCGGTGGCCAGCATAGATCTCGGCTCGGAATGGCTCAAAGTCGCCGTAGTCAACCTCAAGCCCGGCCAGGCGCCGATCTCCGTCGCCATCAACGAGATGTCGAAGCGGAAGACACCGACGCTCATCAGTTTCCACGCTGACTCCCGCTTGATCGGCGAGGAGTCGGCTAATCTCCTCGCGCGCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796784.1
MATPSSLHALLFLSLFLLHSFQTESAVASIDLGSEWLKVAVVNLKPGQAPISVAINEMSKRKTPTLISFHADSRLIGEESANLLARYPTKVFSHLPSLVAKPYNFTRDFLRKLYLSYEIAPEDARGVAVFKAEVGDGGHFTAEEMVGMVLKYAAGLAESHARTSVKDVVITVPPFTGVAERRGLLAAADLAGLNVLALVNEHSGAALQYGIDKDFSNGSRHVVFYDMGASSTYAALVYFSAYNAKELGKTVSVNQFQVKD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器