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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000410`

染色体: Chr02 坐标: 5155831-5158826 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000410`
名称	SmilChr02G000410
描述	uncharacterized SmilChr02G000410
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	5155831 - 5158826 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007883`
GeneID	`131007883`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007883`
原始查询	`SmilChr02G000410`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=36.5; qcov=0.112; evalue=2.79e-15; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=30.8; qcov=0.52; evalue=9.01e-52; confidence=low
GO	GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00336 (DNA_pol_viral_C); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007883

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790778.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057790778.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057790778.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790778.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790778.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:5155836`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr2:5155840`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	25	A15,A2,B111,B126,B15,B24,B40,B44,B63,B66,B70,B75,B8,B80,B84,B86,C18,C19,C36,C54,C56,C57,C74,C87,D7
`Chr2:5155849`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B135,B63
`Chr2:5155853`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr2:5155855`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	35	A10,A8,B105,B107,B122,B123,B128,B16,B18,B25,B34,B40,B48,B63,B64,B83,B90,B97,C14,C21,C24,C25,C27,C37,C38,C59,C63,C64,C66,C70,C81,C9,D6,D8,D9
`Chr2:5155857`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr2:5155873`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,C36,C47,C65,C71
`Chr2:5155879`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B72,B77,C19,C65
`Chr2:5155883`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	21	A10,A9,B117,B137,B45,B48,B5,B55,B65,B67,B79,B93,C34,C38,C49,C77,C80,C81,C84,D4,D7
`Chr2:5155886`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B25
`Chr2:5155887`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B12,B30
`Chr2:5155914`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C36,C40,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790778.1

855 aa

428

855

RVT_1

DNA_pol_viral_C

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

PF00078 RVT_1 453-531 aa PF00336 DNA_pol_viral_C 573-730 aa PF17919 RT_RNaseH_2 622-719 aa PF17917 RT_RNaseH 648-749 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790778.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	453	531	2e-12	48.1	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057790778.1`	Pfam	`PF00336`	DNA_pol_viral_C	Family	573	730	6.1e-06	26.5	DNA polymerase (viral) C-terminal domain
`XP_057790778.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	622	719	2.1e-28	99.1	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057790778.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	648	749	4.9e-32	110.9	RNase H-like domain found in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934795.1
ATGACCAAACAGAACATGGAGTCACAGTCTGCTACAATCAAGCGTCTTGAGACAACCGTTGGACAACTCTCAGGGACCTTGAACCAGATGCAACAGCAGCAACAACCAGGGAAGCTCCATGGCCAAGGATTGAAACCTCATCAAGCTCAAGCTGTCACAGTCCTACAGAGTGGAAAGAAGGTGGACAACAAAGTGGAGATCCCTACTGACGAGCTCCCTAAGGAAACTTGTGAGGAGGAGATGGTGAAAGAAGTACCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007883
ATGACCAAACAGAACATGGAGTCACAGTCTGCTACAATCAAGCGTCTTGAGACAACCGTTGGACAACTCTCAGGGACCTTGAACCAGATGCAACAGCAGCAACAACCAGGGAAGCTCCATGGCCAAGGATTGAAACCTCATCAAGCTCAAGCTGTCACAGTCCTACAGAGTGGAAAGAAGGTGGACAACAAAGTGGAGATCCCTACTGACGAGCTCCCTAAGGAAACTTGTGAGGAGGAGATGGTGAAAGAAGTACCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790778.1
MTKQNMESQSATIKRLETTVGQLSGTLNQMQQQQQPGKLHGQGLKPHQAQAVTVLQSGKKVDNKVEIPTDELPKETCEEEMVKEVPPPREEEQQGESSVKLHKATKPYRPPIPYPGRLRNEKQDQQFTDFYNMLAKVNVNLPLLDVIRNVPAYVKFFKELATKKRKFVDNEKILVSEVANSIMQQPLPPKQRDLGSFVINIALGNGKEASDRSVRYPRGVIEDILVRVGGLIVPVDFVVLEIGEVHENDAIDGLAEMVYV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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